结论：在征用代征土地协议签订后，若长期未返还土地且征用期限没有约定，诉讼时效的问题需分情况讨论。一般来说，可能涉及诉讼时效的起算点及最长保护期限的问题，但具体是否受诉讼时效限制还需结合协议性质、法律规定及实际情况综合判断。

分析：

1. 诉讼时效的基本概念：

   • 诉讼时效是指民事权利受到侵害的权利人在法定的时效期间内不行使权利，当时效期间届满时，债务人获得诉讼时效抗辩权。在法律规定的诉讼时效期间内，权利人提出请求的，人民法院就强制义务人履行所承担的义务。而在法定的诉讼时效期间届满之后，权利人行使请求权的，人民法院就不再予以保护。

2. 征用代征土地协议的性质：

   • 征用代征土地协议通常涉及土地使用权的转移或限制，其性质可能属于行政合同或民事合同，具体取决于协议的内容和签订主体。若协议具有行政法上的权利义务内容，则可能受行政法调整；若主要涉及民事权利义务，则受民法调整。

3. 诉讼时效的起算点：

   • 在民事合同中，诉讼时效通常从权利人知道或应当知道权利受到侵害之日起计算。对于征用代征土地协议，若长期未返还土地，且征用期限没有约定，则权利人（如土地原使用权人）可能从协议约定的返还期限届满之日（若无约定，则可能从合理期限届满之日）起知道或应当知道权利受到侵害，从而开始计算诉讼时效。
   • 特殊情况：若协议涉及的是持续性的侵权行为（如长期占用土地未返还），则诉讼时效可能从侵权行为终止之日起计算。但在此情况下，由于征用期限未约定，需结合实际情况判断侵权行为是否终止及何时终止。

4. 最长保护期限：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年（特殊情况除外）。但自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
   • 对于征用代征土地协议，若长期未返还土地且征用期限未约定，权利人应在知道或应当知道权利受到侵害之日起三年内提起诉讼，同时需注意最长保护期限的限制。

5. 是否受诉讼时效限制的综合判断：

   • 若协议具有行政法上的性质，则可能不受民法上诉讼时效的限制，而受行政法上的时效规定调整。
   • 若协议主要涉及民事权利义务，则通常受民法上诉讼时效的限制。但需注意，若权利人能证明存在诉讼时效中断、中止等情形，则可能延长诉讼时效期间。

建议：

• 收集证据：权利人应收集与征用代征土地协议相关的所有证据，包括协议文本、土地使用权证明、沟通记录等，以证明自己的权利及受到侵害的事实。
• 咨询专业律师：由于诉讼时效问题涉及复杂的法律判断和证据收集，建议权利人咨询专业律师，以便更准确地判断诉讼时效的起算点、是否受限制及如何维护自己的合法权益。
• 及时行动：若权利人认为自己的权利受到侵害，且担心诉讼时效问题，应及时采取行动，如与对方协商、提起诉讼或申请仲裁等，以避免因诉讼时效届满而丧失保护权利的机会。

后续思考依据：

• 在处理类似案件时，需结合协议的具体内容、签订主体、法律规定及实际情况综合判断诉讼时效问题。
• 诉讼时效的起算点、最长保护期限及是否受限制等问题可能因案件具体情况而有所不同，需具体问题具体分析。