结论：土地征用协议签订后，即使补偿款未付，协议本身仍然可能有效。但具体效力需结合实际情况判断，主要取决于协议的主体适格性、意思表示的真实性、内容的合法性以及是否存在违法情形等多个因素。
详细分析：
协议有效的情形：
- 主体适格且意思表示真实：如果签订土地征用协议的双方主体适格，即征收方是经过合法授权的政府部门或其委托的相关单位，被征收人是被征收土地或房屋的合法权利人，且协议是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等情形，那么该协议在签订时即具有法律效力。
- 内容合法且未违反强制性规定：协议内容必须符合法律法规的规定，没有违反法律、行政法规的强制性规定，如补偿标准应符合当地的征地补偿政策和相关法律法规的要求。未领取补偿款并不直接影响协议的效力，因为协议的效力主要取决于其内容的合法性和双方的自愿性。
- 存在合理未支付原因：在某些情况下，可能存在合理的未支付补偿款的原因，如资金尚未到位、支付流程尚未完成等。这些原因并不导致协议无效，但被征收人有权要求征收方按照协议约定的时间支付补偿款。
协议可能无效或可撤销的情形：
- 协议内容违法：如果土地征用协议的内容违反了法律法规的强制性规定，如以欺诈、胁迫等手段订立合同，损害国家利益；恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益等，那么该协议将被认定为无效。
- 显失公平或被欺诈、胁迫：如果协议在订立时显失公平，或者一方以欺诈、胁迫的手段使对方在违背真实意思的情况下订立的合同，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销该协议。例如，如果征收方故意隐瞒重要信息或提供虚假信息，导致被征收人在不知情的情况下签订了不公平的协议，那么被征收人可以依法请求变更或撤销该协议。
- 未满足法定形式要求（虽不常见，但需注意）：虽然大多数合同可以采用书面形式、口头形式或其他形式订立，但某些特定类型的合同（如涉及不动产的交易）可能需要满足特定的形式要求（如书面合同并办理登记手续）。如果土地征用协议未满足这些法定形式要求，可能影响其效力。不过，对于土地征用协议而言，通常更注重内容的合法性和双方的自愿性，而非特定的形式要求。
法律建议：
- 仔细审查协议内容：在签订土地征用协议前，被征收人应仔细审查协议内容，确保协议内容合法、公平、合理，并明确约定补偿款的支付时间、方式等条款。
- 保留相关证据：被征收人应保留与土地征用相关的所有证据，如土地权属证明、征收通知、协议文本等，以便在发生争议时维护自己的合法权益。
- 及时寻求法律帮助：如果被征收人对土地征用协议的效力存在疑问或征收方未按照协议约定支付补偿款，被征收人应及时寻求法律帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。例如，可以向法院提起诉讼或申请仲裁机构进行仲裁。
可能后果：
- 如果土地征用协议被认定有效，但征收方未按照协议约定支付补偿款，被征收人有权要求征收方继续履行协议并支付补偿款及可能的违约金或利息。
- 如果土地征用协议被认定无效或可撤销，被征收人可能无法直接依据协议要求征收方支付补偿款，但可以根据实际情况要求征收方承担相应的法律责任，如返还财产、赔偿损失等。
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