结论：自建房签了买卖协议但未付款，协议本身在符合法定条件下是有效的，但未付款可能构成违约，需根据具体情况承担相应法律责任。以下从多个角度进行详细分析：
一、协议本身的效力
协议成立与生效：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。自建房买卖协议作为合同的一种，只要双方意思表示真实，不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且具备合同成立的基本要素（如当事人、标的、数量等），则协议自成立时即生效。
- 关键点：协议的有效性不取决于是否付款，而是取决于协议本身的合法性和双方的真实意思表示。
未付款的影响：
- 未付款并不直接导致协议无效，但可能构成违约。如果买方未按照协议约定的时间和方式支付房款，则构成违约行为，卖方有权要求买方承担违约责任。
二、违约责任的承担
继续履行：
- 如果买方有能力支付房款但拒绝支付，卖方可以要求买方继续履行协议，即支付房款。
赔偿损失：
- 如果买方未付款导致卖方遭受损失（如利息损失、交易机会丧失等），卖方可以要求买方赔偿这些损失。
解除合同：
- 在某些情况下，如果买方未付款且经催告后仍未支付，卖方有权解除合同，并要求买方承担违约责任。解除合同后，卖方可以收回房屋，并要求买方赔偿因此造成的损失。
三、特殊情况下的处理
协议无效的情形：
- 如果自建房买卖协议存在违反法律、行政法规的强制性规定或违背公序良俗等情形，则协议可能被认定为无效。例如，如果自建房属于违法建筑或未经批准擅自建设的房屋，则买卖协议可能无效。
- 关键点：协议无效与未付款无关，而是取决于协议本身的合法性。
协议可撤销的情形：
- 如果买方在签订协议时存在重大误解、欺诈、胁迫等情形，导致协议显失公平或违背其真实意思表示，则买方有权请求人民法院或仲裁机构撤销协议。
- 关键点：可撤销协议与未付款也无关，而是取决于签订协议时的具体情况。
四、法律建议
对于卖方：
- 在签订自建房买卖协议时，应明确约定房款的支付时间、方式和违约责任等条款，以确保自己的权益得到保障。
- 如果买方未付款，应及时催告并保留相关证据，以便在必要时通过法律途径维护自己的权益。
对于买方：
- 在签订自建房买卖协议前，应充分了解房屋的法律状态和产权情况，确保协议合法有效。
- 如果因特殊原因无法按时支付房款，应及时与卖方沟通并协商解决方案，以避免构成违约。
总结：自建房签了买卖协议但未付款，协议本身在符合法定条件下是有效的。未付款可能构成违约行为，需根据具体情况承担相应法律责任。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。