当面对员工擅自离职的情况时，用人单位在处理工资支付与赔偿问题上需格外谨慎，以确保既维护自身合法权益，又遵守相关法律法规。以下是对此问题的详细解答：
一、工资支付的基本原则
无论员工是否擅自离职，只要其提供了劳动，用人单位就应按照实际工作天数和双方约定的工资标准支付工资。这是劳动者的基本权利，也是用人单位的法定义务。例如，若员工月工资为6000元，每月按21.75天计算工作日，若工作10天后擅自离职，则应支付工资约为2758.62元（6000÷21.75×10）。
二、擅自离职可能导致的工资扣除情况
经济损失赔偿：
- 若员工擅自离职给用人单位造成了直接经济损失，如工作延误导致的额外费用支出、项目失败导致的合同违约赔偿等，用人单位有权要求员工赔偿，并从其工资中扣除。但扣除时需遵循法定程序，包括劳动合同中有明确赔偿约定、有详细的计算依据和书面通知告知员工等。
- 扣除的金额也有限制，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。例如，员工擅自离职导致5000元损失，月工资8000元，则每月最多可扣除1600元。
违反服务期约定：
- 若用人单位为员工提供了专项培训，并约定了服务期，员工违反约定擅自离职，则需支付违约金。违约金的数额不得超过培训费用，且需按服务期未履行部分进行分摊。例如，员工培训费3万元，约定3年服务期，工作1年后擅自离职，则需支付2万元违约金。
三、用人单位的合法应对措施
及时通知与沟通：
- 员工擅自离职后，用人单位应尽快通过书面形式（如快递、电子邮件）通知员工返回办理离职手续，并明确告知逾期后果。同时，尝试与员工取得联系，了解其离职原因，看是否能够通过沟通解决误解或问题。
正式解除劳动合同：
- 若无法联系到员工或沟通无果，且员工的行为已严重违反企业规章制度或劳动合同约定，用人单位有权解除劳动合同，并通过正式信函发放离职通知书，要求其完成相关工作交接及离职手续。
证据保存：
- 用人单位应妥善保存与员工擅自离职及由此引发损失相关的所有证据，如劳动合同、培训协议、考勤记录、业务文件、经济损失评估报告等。这些证据在未来的劳动仲裁或诉讼过程中将起到关键作用。
四、预防与建议
- 用人单位应制定完善的规章制度，明确员工离职的程序和要求，以及擅自离职的后果和处理措施。这有助于减少擅自离职现象的发生，并在发生时提供明确的处理依据。
- 劳动者在离职时应遵守相关规定和程序，与用人单位协商处理工资等事宜。若存在争议或不满，应通过合法途径解决，而非擅自离职。
- 如有争议无法解决，双方应及时寻求劳动仲裁机构或法院的帮助，以维护自身合法权益。
综上所述，面对员工擅自离职的情况，用人单位应依法处理工资支付与赔偿问题，同时完善内部管理制度，保存相关证据，以确保双方的合法权益得到保障。