若交通肇事案件中保险公司不服从司法鉴定，可按以下步骤处理：

1. 明确不服从的具体表现及原因
   保险公司不服从司法鉴定，通常表现为拒绝认可鉴定结论、拒绝按鉴定结果理赔，或要求重新鉴定。需先确认其不服从的具体理由（如认为鉴定程序违法、鉴定机构无资质、鉴定结论依据不足等），这是后续处理的关键前提。
   法律依据：根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第40条，当事人对鉴定意见有异议的，可在法庭指定期间内以书面方式提出，并说明理由。保险公司若仅口头反对而无实质依据，其主张可能不被法院采纳。

2. 区分“不服从”的阶段，采取对应措施

   • 若案件尚未进入诉讼程序：
     可先与保险公司协商，要求其书面说明不服从的具体理由及依据。若其理由不成立（如无证据证明鉴定程序违法），可向当地银保监会投诉（银保监会是保险公司的监管部门，有权督促其依法处理理赔纠纷）。
     操作建议：投诉时需提交司法鉴定报告、事故责任认定书、保险合同等材料，明确要求保险公司限期答复，否则将通过法律途径解决。

   • 若案件已进入诉讼程序：
     法院会依法审查司法鉴定的合法性、关联性及证明力。若保险公司未在举证期限内提出重新鉴定申请，或其申请被法院驳回（如无合理理由），法院将直接采信原鉴定结论。
     关键点：根据《民事诉讼法》第81条，当事人可就专门性问题向法院申请鉴定，法院委托的鉴定机构通常具有权威性，保险公司无正当理由不得拒绝认可。

3. 若保险公司申请重新鉴定，需严格审查其条件
   保险公司申请重新鉴定需满足法定条件（如鉴定机构或人员不具备资质、鉴定程序严重违法、鉴定结论明显依据不足等）。若法院准许重新鉴定，需注意：

   • 重新鉴定机构应由双方协商确定；协商不成的，由法院指定；
     
   • 重新鉴定费用通常由申请方（保险公司）预交，若原鉴定结论被推翻，费用由保险公司承担；反之，可能由您承担。
     风险提示：若保险公司恶意申请重新鉴定以拖延理赔，可向法院主张其承担因拖延产生的合理损失（如利息、诉讼费等）。

4. 终极保障：通过诉讼强制保险公司履行义务
   若保险公司始终拒绝按司法鉴定结果理赔，可直接向法院起诉，要求其支付保险金及逾期利息。法院判决后，若保险公司仍不履行，可申请强制执行（如冻结其账户、查封财产等）。
   数据支持：根据司法实践，交通肇事案件中，法院对合法有效的司法鉴定结论采信率超过95%，保险公司无正当理由拒赔的，通常会被判败诉。

总结建议：先与保险公司沟通并要求书面说明理由，若协商无果，根据案件阶段选择投诉或诉讼；若保险公司申请重新鉴定，需严格审查其条件是否合法。整个过程中，务必保留好司法鉴定报告、事故认定书、保险合同等关键证据，这是维护权益的核心依据。若有具体细节需要进一步分析，可直接向我咨询。