机关单位工作时间超时，劳动者可以通过以下途径维护自身权益：

1. 与单位协商解决
   首先建议与单位人事部门或直接上级沟通，明确指出超时工作的事实（如加班记录、考勤表等证据），要求单位依法安排调休或支付加班费。根据《劳动法》第四十四条，工作日超时加班应支付不低于工资150%的加班费，休息日加班且未调休的应支付200%，法定节假日加班则需支付300%。

2. 向劳动监察部门投诉
   若协商无果，可向当地劳动保障监察大队举报（可通过12333热线或官网查询投诉渠道）。监察部门有权责令单位限期整改，逾期不改正的将面临行政处罚（如罚款）。投诉时需提供劳动合同、考勤记录、加班通知等证据。

3. 申请劳动仲裁
   若单位拒不支付加班费或拒绝调休，可向劳动合同履行地或单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁（时效为1年内）。仲裁请求可包括：

   • 支付拖欠的加班费及50%-100%的赔偿金（《劳动合同法》第八十五条）；
     
   • 补缴未足额缴纳的社会保险（如因超时工作导致社保基数不足）；
     
   • 确认单位违法用工行为并要求书面道歉（视情况而定）。

4. 特殊情形处理

   • 公务员或参公人员：若属于此类身份，需通过单位内部申诉渠道（如人事争议仲裁委员会）或向同级公务员主管部门反映，适用《公务员法》而非《劳动法》。
     
   • 综合计算工时制：若单位经审批实行综合工时制，需核对周期内总工时是否超标（如季度内不超过500小时），超标部分仍需支付加班费。
     
   • 不定时工时制：此类岗位原则上不享受加班费，但法定节假日工作仍需支付300%工资。

行动建议：

• 立即收集证据（如考勤记录、加班通知、工资条等）；
  
• 优先通过书面形式（邮件、微信）与单位沟通，保留沟通记录；
  
• 避免自行离职，否则可能丧失主张经济补偿的权利。
  

如有进一步疑问或需协助整理证据材料，可直接向我提问。