在十二小时三班倒的情况下，周末上班是否算加班，需根据具体的工时制度、合同约定以及排班情况来综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、工时制度的影响
标准工时制：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，标准工时制下，每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过40小时（或44小时，具体依据地方规定）。
- 若在十二小时三班倒的制度下，员工周末被安排上班，且该上班时长导致周总工作时间超过法定标准，同时不能安排补休，则属于加班。用人单位应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬作为加班费。
- 若能安排补休，则可不支付加班费，但补休需在合理期限内安排，且不得影响员工的正常休息和生活。
不定时工作制：
- 针对特定岗位（如高级管理人员、外勤人员等），经劳动行政部门审批后，可实行不定时工作制。在此制度下，通常不存在固定的上下班时间和加班概念。
- 若十二小时三班倒制度适用于不定时工作制岗位，且已获得劳动行政部门审批，则周末上班一般不算加班，无需支付加班费。
综合计算工时工作制：
- 以一定周期（如周、月、季、年）综合计算工作时间。在此制度下，只要在一个周期内总实际工作时间未超过法定标准工作时间，周末工作不算加班。
- 若十二小时三班倒制度适用于综合计算工时工作制，且周期内总工作时间未超标，则周末上班不构成加班。但若超过部分，则视为延长工作时间，需支付加班费。
二、合同约定与排班情况的重要性
- 合同约定：劳动合同中的约定对于判断加班至关重要。若合同中明确规定了工作时间、加班的计算方式以及加班费的支付标准，则应按照合同约定执行。
- 排班情况：即使在相同工时制度下，十二小时三班倒的具体排班也会影响加班的认定。如果周末班次是员工正常轮班的一部分，且未导致月总工作时间超过法定标准，则通常不被视为加班。若因特殊需要临时增加班次或导致月总工作时间超标，则超出部分应被视为加班，并依法支付加班费。
三、实际操作建议
- 明确合同约定：用人单位应与员工在劳动合同中明确约定工作时间、加班的计算方式以及加班费的支付标准，以避免争议。
- 遵守工时制度：用人单位应严格遵守相关工时制度，确保员工的工作时间不超过法定标准。在排班安排上，应尽量确保员工的总工作时间不超出法定标准，以避免不必要的加班费用支出和法律风险。
- 及时咨询与沟通：若员工对十二小时三班倒制度下周末上班是否算加班存在疑问或争议，建议及时与用人单位沟通，并咨询专业律师以获取准确的法律意见和指导。
总结来说，十二小时三班倒制度下周末上班是否算加班，需根据具体的工时制度、合同约定以及排班情况来综合判断。用人单位应严格遵守相关法律法规，确保员工的工作时间不超过法定标准，并在必要时支付相应的加班费。员工也应了解自己的权益，如认为存在加班未获补偿的情况，可依法维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。