在商事案件仲裁中，一般不可以提出管辖异议申请。以下是对这一问题的详细分析：

仲裁管辖的特殊性

仲裁与诉讼在管辖上存在显著差异。诉讼中，管辖权是法院受理案件的前提，当事人可以对管辖权提出异议。然而，在仲裁中，管辖权是基于双方当事人的仲裁协议而产生的。仲裁协议是双方当事人同意将争议提交仲裁机构解决的书面约定，它构成了仲裁机构行使管辖权的直接依据。

仲裁协议的效力

1. 排他性：仲裁协议一旦成立，即具有排他性，意味着双方当事人必须按照仲裁协议的约定，将争议提交给指定的仲裁机构进行仲裁，而不得再向法院提起诉讼。
2. 自治性：仲裁协议体现了双方当事人的意思自治，他们有权选择仲裁机构、仲裁地点、仲裁规则等。这种自治性也决定了仲裁管辖权的确定主要依赖于仲裁协议，而非外部的法律或规定。

管辖异议的不可提出性

1. 仲裁规则的限制：大多数仲裁机构的仲裁规则都明确规定，当事人不得对仲裁机构的管辖权提出异议。这是因为仲裁管辖权是基于仲裁协议而产生的，只要仲裁协议有效，仲裁机构就享有管辖权。
2. 仲裁程序的效率性：仲裁程序以其高效、快捷而著称。如果允许当事人对管辖权提出异议，将会导致仲裁程序的延误，甚至可能引发不必要的诉讼，这与仲裁的初衷相悖。

特殊情况下的处理

尽管在一般情况下，商事案件仲裁中不可以提出管辖异议申请，但也存在一些特殊情况。例如，如果仲裁协议本身存在无效或可撤销的情形（如一方当事人在签署仲裁协议时存在欺诈、胁迫等行为），那么当事人可以向法院申请确认仲裁协议的效力或撤销仲裁协议。然而，这并不意味着当事人可以直接对仲裁机构的管辖权提出异议，而是需要通过法院来审查仲裁协议的效力。

法律建议

1. 仔细审查仲裁协议：在签订仲裁协议时，双方当事人应仔细审查协议内容，确保协议的有效性和可执行性。
2. 遵守仲裁规则：在仲裁过程中，当事人应遵守仲裁机构的仲裁规则，不得随意提出管辖异议申请。
3. 寻求法律帮助：如果当事人对仲裁协议或仲裁程序存在疑问或争议，应及时寻求专业律师的法律帮助，以维护自己的合法权益。

综上所述，商事案件仲裁中一般不可以提出管辖异议申请。这是由仲裁管辖的特殊性、仲裁协议的效力以及仲裁程序的效率性所决定的。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。