监理在发现6人未经审批进入有限空间作业时，应立即制止并依据合同约定、行业规范及法律法规采取相应处罚措施，具体可从以下角度处理：

1. 依据合同条款处罚
   若施工合同或安全协议中明确约定“未经审批进入有限空间作业属于违约行为”，监理可依据合同条款要求施工单位承担违约责任，例如：

   • 书面警告并要求限期整改；
     
   • 扣除相应工程款（需合同明确约定扣款标准）；
     
   • 要求更换违规作业人员或暂停施工。
     

2. 依据行业规范处罚
   根据《建设工程安全生产管理条例》《有限空间作业安全指导手册》等规定，监理可采取以下措施：

   • 立即制止：要求作业人员撤离有限空间，暂停相关作业；
     
   • 报告建设单位：向建设单位书面报告违规情况，并建议采取进一步措施；
     
   • 下发整改通知：要求施工单位限期提交整改方案，并监督落实；
     
   • 记录违规行为：将违规事实记入监理日志，作为后续验收或结算的依据。
     

3. 依据法律法规处罚
   若违规行为已涉嫌违法（如导致安全事故隐患），监理可：

   • 向应急管理部门报告：依据《安全生产法》要求，对重大隐患及时上报；
     
   • 要求行政处罚：建议建设单位或直接向主管部门申请对施工单位罚款、停业整顿等；
     
   • 追究民事责任：若因违规导致损失，可协助建设单位要求施工单位赔偿。
     

建议监理优先采取“制止+整改+报告”的组合措施，既履行现场管理职责，又避免因处罚不当引发纠纷。若需进一步明确处罚依据或操作细节，可随时向我咨询。