结论：针对村里2003年修建的自来水井遭到破坏且找不到原始票据的情况，您可以从以下几个角度来处理和应对：
收集其他证据：
- 证人证言：寻找当时参与修建自来水井的村民或了解情况的村民，请他们出具书面证言或接受询问，以证明自来水井的存在、修建时间及大致情况。
- 照片或视频：如果可能，查找是否有当时修建或使用自来水井的照片或视频资料，这些可以作为直观的证据。
- 村集体记录：查阅村集体的会议记录、财务记录或其他相关文件，看是否有关于自来水井修建、维护或使用的记录。
评估破坏程度与责任：
- 破坏程度：首先需要对自来水井的破坏程度进行评估，包括是否完全损毁、是否可修复以及修复所需费用等。
- 责任认定：分析破坏行为的可能责任人，如是否为个人行为、是否涉及村集体管理不善等。如果涉及第三方责任，可以考虑追究其法律责任。
寻求法律救济：
- 报警处理：如果破坏行为涉嫌违法，如故意毁坏财物等，可以向当地公安机关报案，要求依法处理。
- 民事诉讼：如果破坏行为导致村集体或村民遭受经济损失，可以考虑向法院提起民事诉讼，要求赔偿损失。在诉讼过程中，虽然原始票据丢失，但其他收集到的证据仍可以作为支持诉求的依据。
修复与重建：
- 修复方案：根据自来水井的破坏程度，制定修复方案。如果损坏不严重，可以考虑自行修复；如果损坏严重，可能需要寻求专业维修人员的帮助。
- 资金筹集：修复或重建自来水井需要资金，可以通过村集体筹集、村民自筹或申请政府补助等方式来解决资金问题。
预防措施：
- 加强管理：建立健全村集体资产管理制度，明确管理责任，防止类似事件再次发生。
- 宣传教育：加强对村民的法制教育和公共财产保护意识教育，提高村民的法律意识和公共意识。
法律背景与建议：
- 在处理此类事件时，应充分了解并遵循相关法律法规，如《中华人民共和国民法典》中关于物权保护、侵权责任的规定等。
- 如果对法律程序或责任认定有疑问，建议咨询专业律师（即向我咨询，作为专注于刑事辩护、拆迁安置领域的律师，我也能提供相关法律咨询），以确保合法权益得到保障。
可能法律后果：
- 如果破坏行为被认定为违法或侵权，责任人可能需要承担民事赔偿责任，甚至可能面临刑事处罚。
- 如果村集体或村民未能及时采取措施保护自身权益，可能导致损失扩大或无法得到有效赔偿。
综上所述，针对村里自来水井遭到破坏且找不到原始票据的情况，您应积极收集其他证据、评估破坏程度与责任、寻求法律救济、制定修复与重建方案，并采取预防措施以防止类似事件再次发生。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。