结论：施工班组收到工程款的依据仅有农民工专户单但没有签字盖章，其效力需分情况讨论，不能一概而论地认为有效或无效。
分析说明：
农民工专户单的性质与作用：
- 农民工专户单通常是用于记录农民工工资发放情况的单据，它反映了工程款中用于支付农民工工资的部分。
- 在建设工程领域，为了保障农民工的合法权益，防止拖欠农民工工资，相关部门可能要求设立农民工工资专用账户，并规定工程款中的一部分需直接打入该账户用于支付农民工工资。
签字盖章的法律意义：
- 签字盖章是合同或单据生效的重要条件之一，它代表了双方对合同或单据内容的认可和确认。
- 在没有签字盖章的情况下，合同或单据的效力可能会受到质疑，因为无法证明双方已经就合同或单据的内容达成一致。
仅有农民工专户单未签字盖章的情况：
- 若双方有口头协议或其他证据支持：如果施工班组与发包方之间有口头协议，或者有其他证据（如转账记录、聊天记录等）能够证明双方已经就工程款的支付达成一致，且农民工专户单作为支付记录的一部分被双方认可，那么即使没有签字盖章，该专户单也可能被视为有效的支付依据。
- 若缺乏其他证据支持：如果施工班组无法提供其他证据来证明双方已经就工程款的支付达成一致，且农民工专户单上没有双方的签字盖章，那么该专户单可能无法单独作为有效的支付依据。在这种情况下，施工班组可能需要通过其他途径（如诉讼）来证明自己的权益。
法律建议：
- 完善支付手续：为了确保工程款的支付得到有效确认，建议施工班组在收到工程款时，要求发包方在农民工专户单上签字盖章，或者另行签订书面支付协议。
- 保留相关证据：施工班组应妥善保留与工程款支付相关的所有证据，包括转账记录、聊天记录、口头协议记录等，以备不时之需。
- 及时咨询律师：如果施工班组对工程款的支付存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果施工班组无法提供有效的支付依据，可能会面临无法证明自己已经收到工程款的风险，从而在后续的争议中处于不利地位。
- 如果发包方否认已经支付工程款，且施工班组无法提供相反证据，那么施工班组可能需要承担举证不能的法律后果。