针对违建厂房收益的处理问题，核心结论需结合法律程序与实际处置情况综合判断，具体分以下两种情形说明：

1. 行政机关查处阶段
   根据《城乡规划法》第六十四条，未取得建设工程规划许可证的违建厂房，行政机关可责令限期拆除；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除并可处工程造价5%-10%罚款。在此阶段，违建厂房产生的收益（如租金、生产利润）属于违法所得，行政机关有权依据《行政处罚法》第二十八条予以没收。例如，若厂房出租给他人使用，租金收入需全额上缴国库；若自用生产，则生产利润可能被追缴。

2. 司法程序介入阶段
   若违建厂房涉及刑事犯罪（如非法占用农用地罪），根据《刑法》第六十四条，犯罪分子违法所得的一切财物应予以追缴或责令退赔。此时收益不仅包括直接经济利益，还可能涵盖通过违建获得的间接利益（如利用违建厂房获取的贷款、政府补贴等）。司法机关会通过审计、评估等方式核定收益金额，并依法处置。

实务建议：

• 若厂房已被认定为违建，建议立即停止使用并主动配合拆除，避免收益被没收且面临更高罚款；
  
• 若对违建认定有异议，可在收到行政处罚决定书后60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼，通过法律途径争取权益；
  
• 收益处理需以行政/司法机关的最终认定为准，切勿自行转移或隐匿财产，否则可能构成妨碍执行公务，面临更严厉处罚。
  

如有具体案件细节（如违建时间、土地性质、收益金额等），可进一步向我说明，我会结合地方性法规提供更精准的分析。