结论：借款5年后付大半本金并重写新借条，但原借条没保留的情况下，新借条的效力及借款事实的认定需结合具体情况分析，若新借条内容完整、合法，且有转账记录等辅助证据，一般可认定借款事实；但若存在争议或缺乏辅助证据，则可能面临举证困难。
分析说明：
新借条的效力：
- 新借条作为双方重新确认借款关系的书面凭证，只要内容真实、合法，且双方均具备完全民事行为能力，自愿签署，即具有法律效力。
- 新借条中应明确借款金额、借款期限、利息（如有）、还款方式等关键条款，以确保其完整性和明确性。
原借条未保留的影响：
- 原借条作为借款关系的初始证据，若未保留，可能在一定程度上影响借款事实的直接证明。
- 但若新借条中已明确提及原借款事实，并作为新借款的依据，且双方对此无异议，则原借条的缺失可能不会对新借条的效力产生实质性影响。
辅助证据的重要性：
- 在原借条未保留的情况下，转账记录、聊天记录、证人证言等辅助证据将变得尤为重要。
- 这些证据可以佐证新借条的真实性，帮助法院或仲裁机构更全面地了解借款事实，从而作出公正裁决。
可能面临的法律后果：
- 若新借条内容完整、合法，且有充分的辅助证据支持，则借款事实一般可得到认定，借款人需按新借条的约定履行还款义务。
- 若新借条存在瑕疵或缺乏辅助证据，导致借款事实无法得到充分证明，则出借人可能面临举证困难，甚至无法追回借款。
行动建议：
- 完善新借条内容：确保新借条中包含所有关键条款，如借款金额、借款期限、利息、还款方式等，并由双方签字确认。
- 收集辅助证据：尽可能收集与借款相关的转账记录、聊天记录、证人证言等辅助证据，以佐证新借条的真实性。
- 咨询专业律师：在签署新借条或面临借款纠纷时，及时咨询专业律师，了解相关法律规定和诉讼策略，以维护自身合法权益。
特殊场景提醒：
- 若借款人提出异议或拒绝履行新借条的约定，出借人应及时采取法律措施，如起诉或申请仲裁，以维护自身权益。
- 在诉讼或仲裁过程中，出借人需积极举证，提供充分证据证明借款事实的存在和新借条的效力。
相关法规参考：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，借款合同是借款人向贷款人借款，到期返还借款并支付利息的合同。借款合同应当采用书面形式，但自然人之间借款另有约定的除外。
- 在借款纠纷中，出借人需承担举证责任，证明借款事实的存在和借款合同的效力。若缺乏充分证据，可能面临举证不能的风险。