在您所描述的情况下，即您在有争议的地方种树，而法院最终将土地判给了对方，关于树的处理方式，这主要取决于树木的价值、种植情况以及法院的具体判决内容，但通常会有以下几种处理方式：
树木作为地上附着物的处理：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，土地上的附着物（如树木）通常随土地一并转移。因此，如果法院判决土地归对方所有，那么土地上的树木原则上也可能被视为对方财产的一部分。
- 若树木价值较高或种植投入较大：您可以在诉讼过程中或判决后，与对方协商树木的补偿问题。如果协商不成，您可以向法院提出申请，要求对树木的价值进行评估，并请求对方给予相应的补偿。法院会根据树木的实际情况、种植成本、市场价值等因素，作出合理的判决。
树木的移除或处理：
- 若对方同意您移除树木：您可以与对方协商移除的时间、方式等细节，并确保在移除过程中不损坏对方的土地或其他财产。
- 若对方不同意您移除树木，或要求您承担移除费用：这需要根据法院的判决来确定。如果法院判决您需要承担移除费用或不得移除树木，那么您需要遵守判决，否则可能面临法律责任。
特殊情况下的处理：
- 如果树木的种植对土地造成了损害：例如，种植过程中使用了有害物质或不当的种植方式导致土地退化，那么您可能需要承担修复土地的责任或赔偿对方的损失。
- 如果双方对树木的处理存在争议且无法协商解决：您可以向法院申请强制执行或提起新的诉讼，要求法院对树木的处理作出明确判决。
法律建议：
- 在处理此类问题时，建议您首先与对方进行友好协商，尝试达成双方都能接受的解决方案。这不仅可以节省时间和精力，还可以避免不必要的法律纠纷。
- 如果协商不成，您应及时咨询专业律师（即向我咨询），了解您的法律权利和义务，以及可能的法律后果。律师可以根据您的具体情况，为您提供专业的法律建议和帮助。
- 在诉讼过程中，您应积极配合法院的工作，提供必要的证据和材料，以支持您的主张。同时，您也应尊重法院的判决，并按照判决内容履行您的义务。
最后需要强调的是，每个案件的具体情况都有所不同，因此上述处理方式并不能涵盖所有可能的情况。如果您在处理此类问题时遇到任何困难或疑问，请随时向我咨询，我会根据您的具体情况为您提供专业的法律帮助。