针对经法院判决的林地发生争议且双方都种上树苗的情况，核心处理原则是依据生效判决确定林地权属，并由侵权方承担相应责任，具体处理方式需结合实际情况分情况讨论：

1. 若判决已明确林地权属，一方擅自种植树苗构成侵权
   根据《民法典》第236条，权利人可要求侵权方排除妨碍（如移除树苗）、恢复原状，并赔偿因侵权行为导致的损失（如树苗成本、林地收益损失等）。若侵权方拒不履行，权利人可向法院申请强制执行，由法院组织清退并追究拒执责任。

2. 若判决未明确具体边界或种植范围，需先通过法律程序确认权属
   双方可共同委托测绘机构确定林地边界，或向法院申请执行异议之诉，由法院重新审查判决内容并明确权属范围。在此期间，双方均应保持林地现状，避免扩大损失，否则可能需对扩大部分承担赔偿责任。

3. 若双方均主张权属且判决存在争议，需通过审判监督程序解决
   若一方认为原判决存在错误（如证据伪造、程序违法等），可依据《民事诉讼法》第207条向法院申请再审，或通过检察院抗诉启动审判监督程序。在再审期间，原判决暂不执行，林地由双方协商管理或由法院指定临时管理人。

实务建议：

• 权利方应第一时间固定证据（如拍照、录像、公证），证明对方侵权行为及林地现状；
  
• 双方可协商由第三方机构（如林业部门、调解委员会）介入，通过行政调解或人民调解达成协议；
  
• 若涉及大规模种植或经济价值较高，建议委托律师评估损失并制定诉讼策略，避免自行处理引发冲突。
  

如有进一步细节（如判决内容、种植规模、争议历史等），可向我补充说明，我会结合具体情形提供更精准的解决方案。