在工程建设项目中，代理商投标时，供应商确实拥有质疑和投诉的权利。这一结论主要基于以下几点法律分析和实践考量：

1. 供应商作为利益相关方的权利：

   • 在工程建设项目的招投标过程中，供应商虽然可能不是直接投标人，但作为项目的潜在或实际参与者，其利益与招投标结果紧密相关。因此，当供应商认为招投标过程中存在不公平、不公正或违法行为时，其有权提出质疑和投诉，以维护自身合法权益。

2. 质疑和投诉的法律依据：

   • 根据《中华人民共和国招标投标法》及其相关实施条例，投标人和其他利害关系人（包括供应商）认为招标投标活动不符合法律、行政法规规定的，有权向招标人提出异议或者依法向有关行政监督部门投诉。这为供应商提供了明确的法律途径来维护其权益。

3. 质疑和投诉的具体情形：

   • 供应商可以在多种情形下提出质疑和投诉，如招标文件存在歧视性条款、评标过程不公正、中标结果不合法等。这些情形都可能对供应商的利益造成损害，因此供应商有权要求招标人或行政监督部门进行调查和处理。

4. 质疑和投诉的流程与注意事项：

   • 供应商在提出质疑和投诉时，应当遵循一定的流程和注意事项。例如，质疑通常应在知道或应当知道权益受到侵害之日起一定期限内提出；投诉时则需要提供充分的证据材料，并按照规定的格式和要求填写投诉书。此外，供应商还应注意保留好相关证据，以便在后续处理过程中证明自己的权益。

5. 供应商质疑和投诉的实践意义：

   • 供应商的质疑和投诉不仅有助于维护其自身合法权益，还能促进招投标市场的公平竞争和健康发展。通过质疑和投诉，可以及时发现和纠正招投标过程中的违法行为和不公平现象，提高招投标活动的透明度和公信力。

建议：

• 如果供应商在工程建设项目的招投标过程中发现任何不公平、不公正或违法行为，应及时向招标人提出异议或依法向有关行政监督部门投诉。
• 在提出质疑和投诉时，供应商应确保提供充分的证据材料，并按照规定的流程和要求进行操作，以提高处理效率和成功率。
• 供应商还应加强与招标人、行政监督部门以及其他相关方的沟通与协调，共同推动招投标市场的公平竞争和健康发展。

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