结论：销售劣质种子，当事人在发现种子有问题后退换，仍然可能存在违法所得，具体是否构成违法所得需结合实际情况判断。以下从不同角度进行分析：

一、违法所得的定义与判断

违法所得通常指的是因实施违法行为而获得的利益。在销售劣质种子的情境中，如果当事人在销售时已经获得了相应的货款，即使后续进行了退换，也不能直接否定其之前因销售劣质种子而获得的利益。因为退换行为是在发现问题后采取的补救措施，它并不能改变之前销售行为已经完成且获得利益的事实。

二、退换行为对违法所得的影响

1. 全额退换：如果当事人对所有销售的劣质种子都进行了全额退换，包括种子款和可能的运输费、人工费等所有相关费用，且没有从中获得任何额外利益，那么从某种程度上说，其违法所得可能被抵消。但即便如此，也不能完全排除其因销售劣质种子而可能承担的其他法律责任，如赔偿损失、罚款等。

2. 部分退换或未退换：如果当事人只进行了部分退换，或者未进行退换，那么其之前因销售劣质种子而获得的利益就仍然存在，这部分利益就构成了违法所得。

三、法律后果与考量

1. 行政处罚：根据《中华人民共和国种子法》等相关法律法规，销售劣质种子是违法行为，可能会面临行政处罚，如罚款、没收违法所得等。即使当事人进行了退换，也不能完全免除其可能面临的行政处罚。

2. 民事赔偿：如果因销售劣质种子给购买者造成了损失，当事人还可能需要承担民事赔偿责任。退换行为可能只是民事赔偿中的一部分，不能完全替代赔偿损失的责任。

四、建议与行动

1. 主动配合调查：如果当事人发现自己销售的种子存在问题，应主动配合相关部门的调查，如实说明情况，提供必要的证据和资料。

2. 积极退换与赔偿：对于已经销售的劣质种子，当事人应积极进行退换，并尽可能赔偿购买者的损失。这有助于减轻其可能面临的法律责任。

3. 加强质量管理：当事人应加强自身的质量管理，确保销售的种子符合相关标准和要求，避免类似问题的再次发生。

总结来说，销售劣质种子后进行退换，并不能直接否定违法所得的存在。是否构成违法所得需结合实际情况判断，包括退换的程度、是否获得额外利益等。当事人应主动配合调查、积极退换与赔偿，并加强质量管理，以减轻可能面临的法律责任。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。