关于违规占用耕地的罚款责任主体问题，结论如下：

1. 罚款责任主体通常为直接实施违法行为的单位或个人
   根据《土地管理法》第七十五条、第七十七条，非法占用耕地建厂的行为主体（包括建设单位或施工单位）均可能成为罚款对象。具体责任需结合违法行为实施主体判断：

   • 若建设单位直接组织占用耕地建设（如自行施工或委托施工单位实施），建设单位作为违法行为的直接实施者，需承担罚款责任；
     
   • 若施工单位未经建设单位同意擅自占用耕地施工（如超出合同范围用地），施工单位作为直接实施者，需承担罚款责任；
     
   • 若建设单位与施工单位共同实施违法行为（如合谋占用耕地），双方可能被认定为共同违法主体，需承担连带罚款责任。

2. 罚款标准与计算方式
   根据《土地管理法》及相关规定，罚款标准分为两类：

   • 按耕地开垦费倍数计算：罚款金额为耕地开垦费的 5倍至10倍（具体倍数由省级政府确定）；
     
   • 按占用面积计算：罚款金额为 每平方米100元至1000元（具体标准由省级政府确定）。
     计算公式示例：
     若某省规定耕地开垦费为20元/平方米，且按5倍罚款，则罚款金额为：
     $\(20元/平方米 \times 5 = 100元/平方米\)\( 若某省规定直接按占用面积罚款，标准为500元/平方米，则罚款金额为： \)\(占用面积（平方米） \times 500元/平方米\)$

3. 其他法律后果与责任主体
   除罚款外，违法行为人还可能面临以下责任：

   • 责令退还土地：由县级以上政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地；
     
   • 拆除建筑：在非法占用的土地上新建的建筑物需限期拆除，逾期不拆的将强制拆除，费用由违法者承担；
     
   • 刑事责任：若占用耕地数量较大（如基本农田5亩以上或一般耕地10亩以上）且造成耕地严重毁坏，可能构成《刑法》第三百四十二条规定的 非法占用农用地罪，处五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金；
     
   • 信用惩戒：违法信息将纳入信用体系，影响金融信贷、商业合作等。

建议与风险提示：

1. 建设单位与施工单位均需严格审查用地合法性：在项目启动前，务必确认土地性质（如是否为耕地）及用地手续（如农用地转用审批、建设用地规划许可等），避免因用地违法导致连带责任；
   
2. 合同中明确责任划分：若建设单位委托施工单位施工，应在合同中明确约定用地合规责任及违约赔偿条款，降低纠纷风险；
   
3. 及时整改可减轻处罚：若已发生违法占用耕地行为，应立即停止施工、退还土地并恢复种植条件，主动配合行政机关调查，可能争取从轻或减轻处罚；
   
4. 刑事风险需高度重视：若占用耕地数量较大且造成严重毁坏，可能面临刑事追责，建议立即咨询律师评估风险并制定应对方案。

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