综合工时制是一种针对特殊工作性质或受季节、自然条件限制的职工，采用以周、月、季、年为周期综合计算工作时间的一种灵活工时制度。以下是对综合工时制的详细解释：
一、法律依据与适用范围
法律依据：
- 综合工时制主要依据《中华人民共和国劳动法》及相关规定实施，特别是原劳动部《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》等文件，为综合工时制提供了明确的法律基础。
适用范围：
- 适用于因工作性质特殊需连续作业或受季节、自然条件限制的企业的部分职工。
- 具体行业包括但不限于交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等行业中需连续作业的职工，以及地质、石油及资源勘探、建筑、制盐、制糖、旅游等受季节和自然条件限制的行业的部分职工。
二、工作时间计算与加班规定
工作时间计算：
- 综合计算周期内，平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同，即每日不超过8小时，每周不超过40小时（一般行业，部分特殊行业可能略有不同）。
- 企业可根据自身生产特点选择以周、月、季、年为周期综合计算工作时间，但整个周期内的总实际工作时间不应超过法定标准工作时间。例如，以月为周期，每月法定标准工作时间为166.64小时；以年为周期，全年则为2000小时左右。
加班规定：
- 在综合计算周期内，如果劳动者的实际工作时间总数超过该周期法定标准工作时间总数，则超过部分应认定为加班。
- 加班待遇方面，延长工作时间的，用人单位应按不低于劳动者本人小时工资标准的150%支付加班工资；在休息日工作的，按照不低于劳动者本人小时工资标准的200%支付加班工资；在法定节假日工作的，用人单位应按不低于劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班工资。
三、审批程序与员工权益保障
审批程序：
- 企业实行综合计算工时工作制，需向当地劳动保障行政部门提出申请，并提交相关材料，如营业执照副本复印件、实行综合计算工时工作制的岗位及人员范围、工作时间安排及休息休假办法等。
- 劳动行政部门审核申请材料，进行实地调查后作出决定。经批准后，企业方可实行综合计算工时工作制。
员工权益保障：
- 企业应确保实行综合计算工时工作制的职工有适当的休息时间，不得剥夺其正常休息权利。
- 对于女职工和未成年工，企业还需遵守相关的特殊劳动保护规定。
- 企业应合理确定劳动者的劳动定额或其他考核标准，以便安排劳动者休息，并确保延长工作时间的小时数平均每月不得超过36小时。
- 延长工作时间应在保障劳动者身体健康的条件下进行，避免过度劳累。
四、意义与影响
- 提高工作效率：综合工时制能够根据生产需求调整工作时间，有助于提高工作效率和生产效益。
- 平衡工作与休息：通过周期内工作时间的总体平衡，确保劳动者得到适当休息，有助于维护劳动者的身心健康和生活质量。
- 促进劳动关系和谐：作为一种灵活的工时安排方式，综合工时制有助于平衡企业与员工的利益，减少劳动争议，促进劳动关系的和谐稳定。
总结与建议：
综合工时制是一种既灵活又符合法律规定的工时制度，它在保障劳动者权益的同时，也满足了企业特殊的生产或工作需求。然而，企业在实施时必须严格遵守劳动法的相关规定，确保劳动者的合法权益得到充分保障。如果您对综合工时制有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问，我将根据您的具体情况提供详细的法律解答。