遇到职能部门执法不公平的情况，可以按照以下步骤处理，我将从法律救济途径和实务操作建议两个维度展开说明：
一、法律救济途径
行政复议
根据《行政复议法》第六条，若认为行政行为存在事实认定错误、程序违法或显失公平（如选择性执法、同案不同罚等），可在知道该行为之日起60日内向上一级主管部门或同级政府申请复议。例如：市场监管部门对同类企业处罚标准差异过大，可通过复议要求撤销或变更处罚决定。
行政诉讼
若复议未获支持或对复议结果不服，可在收到复议决定书15日内（或直接起诉的6个月内）向法院提起行政诉讼（《行政诉讼法》第十二条）。需注意：
- 诉讼中可申请法院调取执法记录、监控录像等证据；
- 若执法人员存在徇私舞弊、滥用职权等情形，可同时主张国家赔偿（《国家赔偿法》第四条）。
信访与监督渠道
- 向当地纪委监委举报执法人员违纪行为（如收受贿赂、故意刁难）；
- 通过12345政务服务便民热线、政府官网“互动交流”板块反映问题，要求书面答复；
- 对涉及多部门的复杂案件，可申请检察机关开展行政执法监督（《人民检察院行政诉讼监督规则》第二十五条）。
二、实务操作建议
证据固定是核心
- 立即通过录音、录像、书面记录等方式固定执法现场情况（如执法人员未出示证件、未告知权利等程序违法点）；
- 收集同类案件的处理结果作为对比证据（如通过政府信息公开申请获取其他企业的处罚决定书）；
- 保留与执法部门沟通的书面材料（如整改通知书、处罚告知书等）。
分层级推进维权
- 第一步：书面异议
在收到处罚决定书后3日内，向执法部门提交《陈述申辩书》，明确指出事实认定错误或程序违法（如未听证、未告知救济途径）；
- 第二步：复议前置
若部门未纠正，优先申请行政复议（成本低、效率高，且复议机关需对原行为合法性全面审查）；
- 第三步：诉讼兜底
对复议结果不满的，及时起诉至法院，可申请先予执行（如冻结处罚款项缴纳）避免损失扩大。
特殊情形处理
- 紧急情况：若执法行为导致企业停产停业等重大损失，可申请法院裁定停止执行（《行政诉讼法》第五十六条）；
- 群体性案件：若涉及多人同类型不公平执法，可推选代表人诉讼，降低维权成本；
- 媒体监督：在确保不侵犯他人隐私的前提下，可通过合法途径向媒体反映（需注意避免被认定为“炒作”影响案件处理）。
提示：执法公平性争议往往涉及专业行政程序和证据规则，建议根据具体案情制定策略。例如，若执法部门以“自由裁量权”为由解释差异处罚，需从裁量基准适用错误、未考虑从轻情节等角度突破。您可进一步描述具体场景（如环保处罚、税务稽查等），我将结合领域特点提供针对性建议。