针对“程序违规但实质合规”这一情形，处理方式需结合具体场景和法律规定综合判断，以下是分情况说明的核心结论及处理建议：

1. 区分程序瑕疵与实质合规的边界
   若程序违规属于轻微瑕疵（如未严格按格式填写文件、未在规定时间内补交非关键材料等），但实质上完全符合法律要求（如交易内容合法、主体资格完备、权利义务清晰），可通过补正程序+说明情况的方式解决。例如：

   • 行政审批中，若未在5个工作日内提交补充材料，但材料本身符合要求，可主动联系审批部门补交并说明延迟原因；
     
   • 合同签订中，若未加盖骑缝章但双方已实际履行合同主要义务，可通过补充协议或书面确认履行情况来固化合规事实。
     关键点：程序瑕疵需未影响实质权利义务，且能通过补正消除影响。

2. 程序违规可能影响实质合规的情形
   若程序违规直接导致实质合规性存疑（如未履行法定公示程序导致交易无效、未按规定召开股东会导致决议可撤销等），需分两步处理：

   • 第一步：评估程序违规的严重性
     根据法律规定（如《民法典》第153条、公司法相关条款），若程序违规属于“强制性规定”范畴（如未办理抵押登记导致抵押权未设立），则实质合规性无法成立，需通过重新履行程序（如补办登记）或协商补救（如签订补充担保协议）来修复；
     若程序违规属于“管理性规定”范畴（如未在规定时间内备案但不影响合同效力），则实质合规性不受影响，但可能面临行政处罚（如罚款），需主动配合监管部门整改。
     
   • 第二步：固定实质合规的证据
     通过书面文件、履行记录、第三方证明等方式，证明实质上已符合法律要求（如交易资金已实际支付、货物已交付、服务已提供等），降低程序违规对实质合规性的冲击。
     关键点：程序违规是否触及“效力性强制性规定”是判断实质合规性的核心标准。

3. 行政或司法程序中的应对策略
   若因程序违规被行政机关处罚或被第三方起诉，可采取以下策略：

   • 行政程序：主动提交实质合规的证据（如业务合同、履行记录、行业惯例证明等），申请从轻、减轻或免除处罚；若处罚决定已作出，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，主张“程序轻微违法但未损害实质权利，不应撤销或确认无效”。
     
   • 司法程序：在答辩中强调“实质合规性优先”原则（如《民法典》第143条关于民事法律行为有效的条件），同时承认程序瑕疵并说明原因（如不可抗力、对方同意延期等），争取法院认定“程序瑕疵不影响合同效力”。
     关键点：行政或司法程序中，实质合规性是核心抗辩理由，但需结合程序违规的具体情节（如是否故意、是否造成损害）综合论证。

总结建议：

• 若程序违规可补正，优先通过补正程序消除风险；
  
• 若程序违规影响实质合规，需评估是否可重新履行程序或协商补救；
  
• 在行政或司法程序中，以“实质合规性”为核心抗辩点，同时准备程序瑕疵的合理说明及证据。
  

如有具体场景（如合同纠纷、行政处罚、公司决议争议等），可进一步提供细节，我会结合案例和法条为您详细分析。