在判定是否明知存在挂靠关系时，我们主要需要从法律原则、合同关系以及实际行为等多个维度进行综合考量。以下是一些具体的判定要点：
一、法律原则基础
首先，我们要明确的是，挂靠关系在法律上虽无直接明文规定其性质，但可以通过相关司法解释和法律原则进行推断。根据“运行支配、运行利益”原则，机动车辆损害赔偿责任主体通常由车辆的实际控制人和受益人承担。这意味着，如果一方明知存在挂靠关系，并从中获取了实际利益或对车辆进行了实际控制，那么该方很可能被视为挂靠关系中的一方。
二、合同关系分析
书面合同：如果双方签订了书面挂靠合同，明确约定了挂靠关系、权利义务等，那么这将是判定明知挂靠关系的重要证据。合同中的条款，如挂靠费用、管理方式、责任承担等，都能反映双方对挂靠关系的认知和同意。
口头协议或行为表示：即使没有书面合同，如果双方通过口头协议或实际行为（如定期缴纳挂靠费用、接受被挂靠单位的管理等）表明了挂靠关系的存在，且双方对此均无异议，那么也可以认定双方明知存在挂靠关系。
三、实际行为考察
车辆控制与使用：如果一方对车辆进行了实际的控制和使用，如安排驾驶任务、决定运输路线等，而另一方仅提供名义上的挂靠服务，那么实际控制车辆的一方很可能被视为挂靠人。
利益获取：如果一方从挂靠关系中获取了实际利益，如通过挂靠车辆进行运输业务并获得收益，而另一方仅收取固定的挂靠费用，那么获取利益的一方很可能被视为明知挂靠关系并从中受益。
管理与监督：被挂靠单位如果对挂靠车辆进行了实际的管理和监督，如要求挂靠车辆遵守其规章制度、进行安全检查等，那么这也表明被挂靠单位对挂靠关系是明知的，并承担了一定的管理责任。
四、特殊情形考虑
在特殊情况下，如挂靠人招用的劳动者与被挂靠单位之间是否存在劳动关系的问题，也需要根据具体情况进行判定。如果劳动者受挂靠人直接管理并发放工资，且与被挂靠单位之间不存在直接联系和隶属关系，那么通常不会认定劳动者与被挂靠单位之间存在劳动关系。然而，如果挂靠人以被挂靠单位的名义招用劳动者，且劳动者在工作中受到被挂靠单位的管理和监督，那么可能构成劳动关系，这也间接反映了被挂靠单位对挂靠关系的明知和认可。
五、综合判定
在判定是否明知存在挂靠关系时，我们需要综合考虑上述各个因素，并根据具体情况进行具体分析。如果双方存在书面合同或口头协议，且实际行为与合同或协议内容相符；或者一方对车辆进行了实际控制和使用，并从中获取了实际利益；或者被挂靠单位对挂靠车辆进行了实际的管理和监督等，那么都可以认定双方明知存在挂靠关系。
综上所述，判定是否明知存在挂靠关系需要综合考虑法律原则、合同关系、实际行为以及特殊情形等多个因素。在实际操作中，我们需要根据具体情况进行具体分析，并依据相关法律法规和司法解释进行判定。