招标代理公司参与串通招投标，其违法所得的认定主要依据相关法律法规，并结合具体案情进行综合判断。以下从多个角度对这一问题进行详细分析：

一、违法所得的认定原则

在串通招投标案件中，违法所得的认定通常遵循以下原则：

1. 实际获利原则：即违法所得应为招标代理公司通过串通招投标行为实际获得的利益。这包括但不限于额外的服务费、回扣、贿赂等不正当收入。

2. 因果关系原则：违法所得必须与串通招投标行为具有直接的因果关系。如果招标代理公司的收入并非直接来源于串通招投标行为，而是基于其他合法或独立的业务活动，则这部分收入不应被认定为违法所得。

3. 合法扣除原则：在计算违法所得时，应允许扣除与串通招投标行为无关但已实际发生的合理成本或费用。例如，如果招标代理公司在串通招投标过程中支付了某些必要的费用，这些费用在计算违法所得时应予以扣除。

二、违法所得的具体认定方法

1. 查账法：通过审查招标代理公司的财务账目，包括收入、支出、利润等，来识别与串通招投标行为相关的资金流动。这种方法要求财务账目完整、准确，且能够清晰反映资金来源和用途。

2. 对比分析法：将招标代理公司在串通招投标期间的收入与正常业务期间的收入进行对比，分析差异部分是否构成违法所得。如果串通招投标期间的收入显著高于正常业务期间，且无法合理解释这种差异，则差异部分可能被视为违法所得。

3. 证人证言与物证结合法：通过收集相关证人证言和物证，如聊天记录、转账记录、合同等，来证明招标代理公司通过串通招投标行为获得了不正当利益。这种方法在财务账目不完整或难以直接证明资金流动时尤为重要。

三、违法所得认定的法律后果

1. 行政处罚：根据《中华人民共和国招标投标法》等相关法律法规，招标代理公司参与串通招投标可能面临罚款、没收违法所得、吊销营业执照等行政处罚。其中，没收违法所得是针对违法所得的直接处罚措施。

2. 刑事责任：如果串通招投标行为情节严重，构成犯罪的，招标代理公司及其相关责任人员还可能面临刑事责任追究。在刑事案件中，违法所得的认定同样重要，它可能作为量刑的依据之一。

四、实际案例中的认定

在实际案例中，违法所得的认定往往需要结合具体案情进行综合判断。例如，如果招标代理公司通过串通招投标行为获得了额外的服务费，且这部分服务费无法合理解释为正常业务收入，那么这部分服务费就可能被认定为违法所得。同样，如果招标代理公司通过串通招投标行为获得了回扣或贿赂等不正当收入，这些收入也应被认定为违法所得。

建议：对于招标代理公司而言，应严格遵守相关法律法规，避免参与任何形式的串通招投标行为。如果面临相关指控或调查，应积极配合相关部门的工作，提供真实、完整的财务账目和业务资料，以便准确认定违法所得并接受相应的法律处罚。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。