结论：基于同一个犯罪事实分别构成行政案件和刑事案件，并不必然属于利益冲突，但需根据具体情形判断是否存在程序或实体上的冲突。以下从法律关系、程序处理、实体认定三个角度展开分析：

一、法律关系角度：行政违法与刑事犯罪的独立性

1. 法律性质不同
   行政案件针对的是违反行政管理秩序的行为（如治安管理处罚法中的殴打他人），刑事案件针对的是危害社会的犯罪行为（如故意伤害罪）。二者可能基于同一事实，但法律评价标准不同。
   例子：甲因琐事殴打乙致轻微伤，公安机关可依据《治安管理处罚法》对甲行政拘留；若乙伤情鉴定为轻伤以上，则甲可能构成《刑法》中的故意伤害罪，需追究刑事责任。同一殴打行为，同时触犯行政法和刑法。

2. 法律后果不冲突
   行政处罚（如罚款、拘留）与刑事处罚（如有期徒刑、罚金）可并行不悖。根据《行政处罚法》第35条，若违法行为构成犯罪，行政机关已给予行政拘留的，应折抵相应刑期；已罚款的，折抵罚金。这体现了“一事不再罚”原则的例外，即允许不同性质的法律责任并存。

二、程序处理角度：行政程序与刑事程序的衔接

1. “刑行交叉”案件的常见处理模式

   • 刑事优先原则：若同一事实涉嫌犯罪，行政程序通常需中止，待刑事案件审结后再恢复。例如，甲因交通肇事被刑事立案后，交警部门暂不作出行政处罚，待法院判决生效后，再根据判决结果决定是否吊销驾照。
     
   • 并行处理例外：若行政处罚不依赖刑事判决结果（如单纯违反治安管理的行为），可与刑事程序同步进行。例如，甲因聚众斗殴被刑事拘留，同时公安机关可对其扰乱公共场所秩序的行为作出行政处罚。

2. 利益冲突的潜在情形

   • 程序冲突：若行政机关与刑事司法机关对同一事实的认定存在矛盾（如行政机关认定不违法，检察机关却起诉），可能导致程序空转或责任认定混乱。
     
   • 证据冲突：行政案件中采集的证据（如证人证言、现场勘验笔录）需符合刑事诉讼证据标准才能用于刑事案件，否则可能因合法性瑕疵被排除。

三、实体认定角度：行政违法与刑事犯罪的界限

1. 构成要件差异
   行政违法与刑事犯罪的构成要件可能不同。例如：

   • 故意伤害罪：需造成轻伤以上后果；
     
   • 治安管理处罚中的殴打他人：仅需造成轻微伤或未受伤但具有社会危害性。
     若同一行为仅满足行政违法要件，则不构成犯罪，此时不存在利益冲突。

2. 量刑与处罚的协调
   即使同一行为同时构成行政违法和刑事犯罪，处罚也需遵循比例原则。例如：

   • 甲因销售劣药被行政罚款10万元，后因情节严重被以“生产、销售劣药罪”起诉。法院在量刑时，会考虑行政罚款已对甲的经济能力造成影响，避免罚金刑过重导致双重惩罚。

实务建议

1. 对当事人：若同时面临行政调查和刑事侦查，应及时委托律师介入，确保行政程序与刑事程序中的陈述一致，避免因证据矛盾被追责。
   
2. 对行政机关/司法机关：在处理“刑行交叉”案件时，应加强信息共享与程序衔接，避免因部门利益导致冲突。例如，行政机关在移送刑事案件前，可先咨询检察机关意见，确保案件定性准确。

总结：行政案件与刑事案件基于同一事实时，是否构成利益冲突需结合法律关系、程序处理和实体认定综合判断。若二者在法律评价、程序衔接或处罚协调上无矛盾，则不构成冲突；反之，则需通过法律程序（如行政复议、刑事申诉）或实务协调解决。如有具体案件，可进一步向我咨询细节。