结论：投标人拒绝澄清，一般情况下不可以直接没收投标保证金，但具体是否可以没收还需结合招标文件的规定以及拒绝澄清的具体情形来判断。

分析说明：

1. 投标保证金的基本性质与目的：

   • 投标保证金是投标人按照招标文件要求向招标人提交的，用于担保其投标行为的一种经济担保。其目的在于确保投标人在投标过程中遵守诚信原则，履行投标义务，并在中标后能够按照招标文件的要求与招标人签订合同。

2. 拒绝澄清的性质与后果：

   • 澄清是招标过程中常见的一个环节，旨在让投标人对投标文件中的不明确或模糊之处进行解释或说明。投标人拒绝澄清，可能被视为对招标过程的不配合或对投标文件的不负责，但这并不直接等同于违约或违法行为。
   • 除非招标文件明确规定，投标人拒绝澄清将构成违约或导致投标保证金被没收，否则招标人不能仅凭投标人拒绝澄清就擅自没收其投标保证金。

3. 招标文件的规定是关键：

   • 招标文件是招投标活动的法律依据，其中会明确规定投标保证金的提交、退还以及没收的条件和程序。因此，是否可以没收投标保证金，首先需要查阅招标文件的相关规定。
   • 如果招标文件明确规定了投标人拒绝澄清将导致投标保证金被没收，那么招标人在这种情况下是有权没收投标保证金的。

4. 实际操作中的注意事项：

   • 即使招标文件有相关规定，招标人在没收投标保证金前也应确保程序的合法性和公正性，避免引发不必要的纠纷。
   • 投标人如果认为招标人没收其投标保证金的行为不合法或不合理，可以通过法律途径维护自己的权益，如提起行政复议或行政诉讼等。

法律建议：

• 对于招标人而言，应在招标文件中明确规定投标保证金的提交、退还以及没收的条件和程序，特别是要明确投标人拒绝澄清是否构成没收投标保证金的情形。
• 对于投标人而言，应仔细阅读招标文件，了解投标保证金的相关规定和要求，避免因不了解规定而导致不必要的损失。如果认为招标人没收其投标保证金的行为不合法或不合理，应及时寻求法律帮助。

可能后果：

• 如果招标人未经合法程序或未依据招标文件的规定擅自没收投标保证金，可能会面临投标人的法律挑战，如被要求退还保证金并承担相应的法律责任。
• 投标人如果因拒绝澄清而被错误地没收投标保证金，也可以通过法律途径维护自己的权益，要求招标人退还保证金并赔偿损失。