付款申请书可以使用电子版公章，但需满足特定条件。具体分析如下：

1. 法律认可性
   根据《中华人民共和国电子签名法》第三条、第十四条，电子公章与实体公章具有同等法律效力，前提是电子公章需通过合法合规的电子认证服务机构（CA机构）认证，且能证明签署人身份真实、签署过程不可篡改。若付款申请书需对外使用（如提交给银行、政府部门或合作方），需确认对方是否接受电子公章形式。

2. 使用场景限制

   • 内部流程：若付款申请书仅用于企业内部审批流程（如员工报销、部门间资金调拨），且企业已建立电子化办公系统（如OA系统），通常可使用电子公章，但需确保系统符合《电子签名法》要求（如数据加密、签署记录留存）。
     
   • 外部提交：若需提交给银行、法院、税务机关等外部机构，需提前确认对方是否接受电子公章。例如，部分银行可能要求加盖实体公章或通过特定电子渠道（如企业网银）提交申请。

3. 操作合规性

   • 公章备案：电子公章需在公安机关备案（部分地区要求），或通过合法CA机构认证，避免使用未经授权的“伪电子章”。
     
   • 签署流程：需保留完整的电子签署记录（如签署时间、IP地址、操作日志），以证明文件未被篡改。
     
   • 文件格式：建议使用PDF等不可编辑格式，并添加时间戳，增强文件证明力。

4. 风险防范

   • 对方拒认风险：若对方以“未见过电子公章”为由拒收文件，可能需补充实体公章或通过公证、见证等方式强化效力。
     
   • 技术风险：电子公章依赖系统安全，若企业系统被黑客攻击导致公章被盗用，可能引发法律纠纷，需定期进行安全审计。

建议：

• 若企业已全面电子化办公，且付款申请书仅用于内部流程，可放心使用电子公章；
  
• 若需对外提交，优先确认对方要求，必要时采用“电子公章+实体公章”双重盖章方式；
  
• 保留所有电子签署记录，以备纠纷时作为证据。
  

如有具体场景或合同条款需要进一步分析，可直接向我咨询。