结论：单位在员工年休五天时扣除1000元是否合理，需根据具体情况判断，但通常情况下，这种做法是不合理的。
一、年休假的基本规定
根据《职工带薪年休假条例》的规定，职工在连续工作满一定年限后，享有带薪年休假的权利。年休假的天数根据职工的工作年限确定，从5天到15天不等。在年休假期间，职工应享受与正常工作期间相同的工资收入。
二、单位扣除工资的合法性分析
扣除工资需有合法依据：
- 单位在扣除员工工资时，必须有明确的法律依据或合同约定。如果单位没有合法的理由或未经员工同意，擅自扣除工资，是违法的。
年休假期间工资应全额支付：
- 在年休假期间，员工应享受与正常工作期间相同的工资收入。这意味着，单位在员工年休假期间，不应扣除其工资。如果单位扣除工资，且没有合理的解释或法律依据，那么这种做法是不合法的。
扣除1000元的具体分析：
- 扣除1000元是否合理，取决于员工的月工资水平、扣除的原因以及是否有合法的依据。如果员工的月工资远高于1000元，且扣除没有合理的解释或法律依据，那么这种扣除显然是不合理的。
- 如果单位声称扣除的是“年休假期间的某些费用”或“未完成工作任务的罚款”等，但这些扣除并没有在劳动合同或单位规章制度中明确规定，或者规定本身不合法，那么这种扣除也是不合法的。
三、员工应如何维护自己的权益
与单位协商：
- 如果员工认为单位扣除工资不合理，首先可以尝试与单位进行协商，要求单位说明扣除的原因，并提供合法的依据。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，要求劳动监察部门对单位的违法行为进行调查和处理。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果劳动监察部门的处理结果不能满足员工的需求，员工还可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，或者向人民法院提起诉讼，要求单位支付被扣除的工资，并可能要求单位支付赔偿金。
四、特殊情况下的考虑
- 如果员工在年休假期间确实存在违反单位规章制度或劳动合同约定的行为，且单位在规章制度或劳动合同中明确规定了相应的罚款措施，那么单位在扣除工资时可能有合法的依据。但即使如此，扣除的金额也应合理，且不应超过员工当月工资的20%（根据《工资支付暂行规定》的相关规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%）。
建议：如果您遇到单位在年休假期间扣除工资的情况，且认为这种扣除不合理，建议您先与单位进行协商，了解扣除的具体原因和依据。如果协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉，或者咨询我进一步了解如何维护自己的权益。