结论：试用期不合格通知是否会被放入档案，需结合档案性质、单位规定及通知性质综合判断，以下分情况说明：

1. 若档案为“人事档案”（国企/事业单位/公务员等）
   根据《企业职工档案管理工作规定》，人事档案主要记录学历、职称、奖惩等长期影响职业发展的信息。试用期不合格通知若被单位认定为“负面评价”（如不符合录用条件、能力不足等），且单位有明确规定将此类文件归入档案，则可能被放入。但需注意：

   • 合法性前提：单位必须证明你确实不符合录用条件（如试用期考核标准已提前告知、考核过程合法合规），否则该通知可能因“证据不足”被认定为无效，不应归入档案；
     
   • 实际影响：即使归入，后续新单位调档时，若你能提供离职协议（证明双方已协商一致解除劳动关系）或单位无法证明“不合格”的合法性，该记录的负面影响通常可被削弱。

2. 若档案为“单位内部档案”（私企/外企等）
   私企、外企的“内部档案”管理较灵活，通常仅用于单位内部管理（如晋升、调薪参考）。试用期不合格通知是否归入，完全取决于单位规定：

   • 若单位明确规定“试用期不合格记录需存档”，且你已签署相关文件（如考核表、确认书），则可能被放入；
     
   • 若单位无明确规定，或你离职时已与单位协商一致（如离职协议中约定“双方无其他争议”），可要求单位不将该通知归入内部档案。

3. 关键建议：主动沟通+留存证据

   • 沟通：可向单位HR或直属领导确认“试用期不合格通知”是否会归入档案，并要求书面回复（如邮件、微信记录）；
     
   • 证据：保留离职协议、试用期考核标准、沟通记录等文件，若后续因档案问题产生争议（如新单位背景调查受影响），这些证据可证明单位行为的合法性或你的无过错；
     
   • 异议权：若认为“不合格”认定不合法（如考核标准未告知、考核过程不公平），可向单位提出书面异议，要求撤销或修改通知，并拒绝在相关文件上签字。

总结：试用期不合格通知是否入档无统一答案，需结合档案类型、单位规定和通知合法性判断。若担心影响未来就业，建议优先通过沟通协商解决，必要时用法律证据维护权益。如有具体细节（如单位类型、通知内容等），可进一步向我说明，我会帮你分析更精准的应对方案。