针对您提出的“单位不给员工申报个税而签合作协议逃税怎么处罚”的问题，这确实是一个涉及税收法律的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，单位不给员工申报个税，而是通过签订合作协议的方式来逃避税收，这种行为是违法的，且严重破坏了税收秩序，损害了国家的税收利益。根据我国的税收征收管理法、个人所得税法等相关法律法规，这种行为将受到严厉的处罚。
一、对单位的处罚
追缴税款：税务部门将依法追缴单位应缴纳而未缴纳的税款，包括个人所得税以及可能因逃税行为而产生的其他相关税费。
加收滞纳金：对于未按时缴纳的税款，税务部门将按照规定加收滞纳金，以惩罚单位的逃税行为，并补偿国家因逃税而遭受的损失。
罚款：根据逃税行为的严重程度，税务部门将对单位处以罚款。罚款的金额将根据逃税的数额、情节以及单位的态度等因素综合确定，可能达到逃税数额的数倍甚至更高。
刑事责任：在极端情况下，如果单位的逃税行为构成犯罪，如逃税罪等，单位及其直接负责的主管人员和其他直接责任人员还可能面临刑事责任的追究，包括有期徒刑、罚金等。
二、对个人的处罚
虽然您提到的是单位的行为，但在此类逃税案件中，个人（如单位负责人、财务人员等）也可能因参与或默许逃税行为而受到处罚。处罚措施可能包括：
追缴个人应纳税款：如果个人因单位逃税行为而未缴纳应纳税款，税务部门将依法追缴。
罚款：个人也可能因参与逃税行为而面临罚款的处罚。
信用记录受损：逃税行为将严重影响个人的信用记录，可能导致个人在贷款、出行、就业等方面受到限制。
三、实际案例参考
从您提供的参考信息中，我们可以看到税务部门对偷逃税款行为的严厉打击态度。例如，上海某公司原总裁因利用职务便利勾连项目承建商和分包商，将实际取得的部分薪酬伪装成工程款项，不依法如实申报个人综合所得，最终被追缴税款、加收滞纳金并处罚款共计1250.58万元。这一案例充分说明了税务部门对逃税行为的零容忍态度。
四、建议
增强法律意识：单位和个人都应增强法律意识，明确依法纳税是每个公民和企业的基本义务，不容挑战与触碰。
合规经营：单位应建立健全的财务管理制度，确保所有经营活动都依法纳税，避免逃税行为的发生。
积极配合税务部门：如果单位或个人被税务部门发现存在逃税行为，应积极配合税务部门的调查和处理工作，主动补缴税款和滞纳金，以减轻处罚。
综上所述，单位不给员工申报个税而签合作协议逃税的行为将受到严厉的处罚。为了维护税收秩序和国家的税收利益，单位和个人都应严格遵守税收法律法规，依法纳税。