当改装电动车发生事故时，门店的处理方式主要取决于其是否涉及非法改装或销售非标车辆，以及这些行为与事故发生的因果关系。以下是一个详细且深入的解答：

一、门店责任认定原则

1. 非法改装与销售非标车辆的责任：

   • 根据相关法律法规，如《深圳经济特区道路交通管理条例》第三十四条（具体条款可能因地区而异，但原则相似），非法改装电动车或销售非标车辆的门店经营者，在事故中可能被追责。
   • 门店若存在违法解除限速系统、更换大功率电机、改变车辆结构等非法改装行为，或销售不符合国家标准的电动车，且这些行为与事故发生存在直接因果关系，门店经营者将承担相应责任。

2. 事故责任划分：

   • 在事故处理中，交警会首先明确驾驶人的违法情形，如超速、闯红灯等。
   • 接着，通过深度溯源调查，确认车辆是否经过非法改装或是否为非标车辆。
   • 最后，依据相关法规，结合驾驶人违法情形和车辆改装情况，认定门店在事故中的责任比例。

二、门店可能承担的责任

1. 行政责任：

   • 门店经营者可能因非法改装或销售非标车辆被依法行政拘留、罚款或吊销营业执照等。

2. 民事责任：

   • 若门店的非法改装或销售行为与事故发生存在因果关系，门店可能需要承担部分或全部民事赔偿责任，包括赔偿受害者医疗费用、财产损失等。

3. 刑事责任：

   • 在极端情况下，如门店的非法改装行为导致严重事故，造成人员伤亡或重大财产损失，门店经营者可能面临刑事指控，如过失致人重伤或死亡罪等。

三、门店应对措施

1. 合规经营：

   • 门店应严格遵守国家法律法规，不进行非法改装或销售非标车辆。
   • 定期对员工进行法律法规培训，提高法律意识。

2. 积极配合调查：

   • 在事故发生后，门店应积极配合交警部门的调查工作，提供相关证据和资料。
   • 如实陈述车辆改装或销售情况，不隐瞒、不谎报。

3. 承担责任并赔偿：

   • 若门店被认定在事故中负有责任，应积极承担相应责任，并按照法律规定进行赔偿。
   • 与受害者或其家属进行协商，达成赔偿协议，避免法律纠纷升级。

四、实际案例参考

以深圳宝安区福海街道的一起电动自行车与行人碰撞伤人事故为例，涉事车辆由某车行售出，经营者存在违法解除限速系统、销售非标车辆的行为，且与事故发生存在直接因果关系。最终，交警认定驾驶员承担主要责任，门店经营者承担次要责任，并因非法改装、销售非标车辆被依法行政拘留。这一案例充分说明了门店在非法改装或销售非标车辆情况下可能承担的责任。

综上所述，改装电动车发生事故时，门店的处理方式取决于其是否涉及非法改装或销售非标车辆以及这些行为与事故的因果关系。门店应合规经营，积极配合调查，并在必要时承担责任并赔偿。