结论前置：个人在单位小区盖房是否违法及如何处理，需分情况讨论，具体如下：

1. 若单位小区土地性质为国有土地且已取得合法规划许可
   根据《城乡规划法》第40条，在城市、镇规划区内进行建筑物建设，必须取得建设工程规划许可证。若个人未经规划部门审批擅自盖房，属于违法建设行为，可能面临以下后果：

   • 行政处罚：由城乡规划主管部门责令停止建设，限期拆除；无法拆除的，没收实物或违法收入，并处建设工程造价10%以下的罚款（《城乡规划法》第64条）。
     
   • 强制执行：若逾期不拆除，地方政府可责成有关部门强制拆除，费用由违法者承担（《城乡规划法》第68条）。
     
   • 产权风险：违法建筑无法办理产权登记，后续可能面临拆迁补偿争议或被无偿拆除。

2. 若单位小区土地性质为集体土地（如农村宅基地）
   根据《土地管理法》第62条，农村村民一户只能拥有一处宅基地，且需经乡（镇）人民政府审核批准。若个人存在以下行为，则构成违法：

   • 未经审批占用耕地建房：可能被责令退还土地、限期拆除，并处罚款（《土地管理法》第77条）。
     
   • 超面积建房或违反“一户一宅”原则：超出部分可能被没收或要求缴纳有偿使用费。
     
   • 非本集体经济组织成员建房：如城镇居民购买农村宅基地建房，合同无效，房屋可能被收回。

3. 若单位允许个人建房但未履行法定程序
   即使单位同意，仍需满足以下条件：

   • 土地性质合规：不得在工业用地、公共设施用地等非住宅用地上建房。
     
   • 规划审批：需取得建设工程规划许可证或乡村建设规划许可证。
     
   • 产权归属明确：若涉及单位土地，需通过合法协议（如联建、合作开发）明确权属，避免后续纠纷。

处理建议：

• 立即停止建设：若已动工，应暂停施工并咨询律师评估风险。
  
• 补办手续：若符合规划条件，可向当地规划部门申请补办许可证（部分地区对历史遗留问题有宽容政策）。
  
• 协商解决：与单位协商，通过签订协议明确土地使用、建房合规性及产权归属。
  
• 行政复议/诉讼：若对处罚决定不服，可在60日内申请行政复议或6个月内提起行政诉讼。
  

温馨提示：建房前务必核实土地性质、规划要求及产权归属，避免因程序违法导致财产损失。如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合证据材料提供针对性方案。