针对机关单位房屋维修中施工方虚领维修款近5万，且单位经手人不知情的情况，处理方式如下：

1. 立即启动内部调查程序

   • 调查内容：首先，单位应迅速组织内部调查，核实维修项目的实际情况，包括但不限于维修范围、工程量、使用的材料等，与施工方所申报的内容进行比对，确认是否存在虚报、夸大等情形。
   • 调查人员：调查应由单位内部负责财务、审计或相关业务部门的人员组成，必要时可邀请外部专业机构参与，以确保调查的公正性和专业性。
   • 调查目的：明确虚领维修款的具体事实、金额及责任人，为后续处理提供依据。

2. 收集并固定证据

   • 证据类型：包括但不限于维修合同、施工记录、验收报告、付款凭证、银行转账记录、现场照片或视频等。
   • 证据收集：确保所有证据的真实性、合法性和关联性，必要时可进行公证或司法鉴定。
   • 证据固定：对收集到的证据进行整理、分类和保存，以备后续法律程序使用。

3. 与施工方进行沟通协商

   • 沟通内容：向施工方明确指出其虚领维修款的行为，要求其立即退还虚领款项，并解释其行为可能面临的法律后果。
   • 协商结果：如果施工方承认错误并愿意退还款项，双方可签订书面协议，明确退款金额、时间及方式等。
   • 协商不成：如果施工方拒绝退还或协商无果，单位应考虑采取法律手段维护自身权益。

4. 考虑法律途径解决

   • 民事诉讼：单位可以向人民法院提起民事诉讼，要求施工方返还虚领的维修款，并可能要求赔偿因虚领款项给单位造成的损失。
   • 刑事报案：如果虚领款项的行为涉嫌犯罪（如诈骗罪），单位可以向公安机关报案，由公安机关依法进行侦查和起诉。
   • 行政投诉：如果施工方存在违规行为，单位还可以向相关行政主管部门进行投诉，要求行政主管部门对施工方进行处罚。

5. 加强内部管理和监督

   • 完善制度：单位应借此机会完善房屋维修管理制度，明确维修项目的申报、审批、执行、验收和付款等流程，确保每一环节都有明确的责任人和监督机制。
   • 加强培训：对单位内部相关人员进行培训，提高其对维修项目的管理和监督能力，防止类似事件再次发生。
   • 定期审计：定期对维修项目进行审计，确保维修款项的合理使用和合规性。

在处理此类事件时，单位应保持冷静和理性，依法依规进行操作，确保自身权益得到最大程度的保护。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。