你父亲作为船长，在休渔期按老板指示出海捕鱼被抓，确实可能面临刑事处罚和罚款，但具体结果取决于多种因素。以下从不同角度为你详细分析：
一、法律定性：非法捕捞水产品罪
根据《中华人民共和国刑法》第三百四十条的规定，违反保护水产资源法规，在禁渔区、禁渔期或者使用禁用的工具、方法捕捞水产品，情节严重的，构成非法捕捞水产品罪。你父亲的情况，正是在休渔期（即禁渔期）出海捕鱼，符合该罪的时间要素。
二、刑事处罚的可能性
个人犯罪：
- 如果你父亲是直接实施捕捞行为的人，且情节严重（如捕捞数量较大、使用禁用工具等），则可能单独构成非法捕捞水产品罪，面临三年以下有期徒刑、拘役、管制或者罚金的处罚。
共同犯罪：
- 如果你父亲是按老板指示行事，且老板明知是休渔期仍组织捕捞，那么老板和你父亲可能构成共同犯罪。在这种情况下，老板作为组织者或主犯，可能面临更重的处罚；你父亲作为从犯，虽然也会受到处罚，但可能相对较轻。
三、罚款的可能性
除了刑事处罚外，你父亲还可能面临行政罚款。根据《中华人民共和国渔业法》的相关规定，在禁渔区、禁渔期或者使用禁用的工具、方法捕捞水产品的，主管部门可以没收渔获物和违法所得，并处以罚款。罚款的数额根据违法情节的严重程度而定，可能从几千元到数万元不等。
四、影响处罚轻重的因素
- 捕捞数量：捕捞的水产品数量越多，情节越严重，处罚可能越重。
- 使用工具：如果使用了禁用的捕捞工具或方法，如电鱼、炸鱼等，情节将更为严重。
- 主观恶性：如果你父亲明知是休渔期仍故意捕捞，或者多次违法捕捞，主观恶性较大，处罚可能更重。
- 认罪态度：如果你父亲在案发后能够积极认罪、悔罪，并主动配合调查，可能获得从轻或减轻处罚的机会。
五、建议与行动
- 及时咨询律师：鉴于案件的复杂性，建议你父亲尽快咨询专业律师，了解具体案情和可能的法律后果。
- 配合调查：在案发后，你父亲应积极配合渔业主管部门的调查，如实陈述事实，提供相关证据。
- 争取从轻处理：如果你父亲有自首、立功、认罪认罚等情节，可以依法争取从轻或减轻处罚。
最后需要强调的是，每个案件的具体情况都有所不同，法律适用和处罚结果也会因案而异。因此，以上分析仅供参考，不能作为最终的法律判断。如果你父亲面临此类问题，请务必及时向我咨询，以便获得更具体、更专业的法律帮助。