若认为占地树木的补偿或处理方式不合理，可向以下部门维权：

1. 当地自然资源主管部门（原国土资源部门）
   自然资源主管部门是土地征收、征用的主要管理部门，负责审核征收程序是否合法、补偿标准是否符合规定。若认为占地行为未履行法定程序（如未公告、未听证）或补偿标准过低，可向该部门申请行政复议或要求其介入调查。例如，根据《土地管理法》第四十七条，征收土地应给予公平、合理的补偿，若补偿明显低于市场价值，自然资源部门有义务监督纠正。

2. 农业农村部门（涉及农村集体土地时）
   若占地涉及农村集体土地（如林地、耕地），且补偿争议与集体资产分配相关，农业农村部门负责指导农村土地承包经营及集体资产管理。例如，若补偿款被村集体截留或分配不公，可向该部门反映并要求协调处理。

3. 林业主管部门（针对树木本身价值争议）
   若争议焦点是树木的种类、数量、价值评估不合理（如误判树种、低估树龄），林业主管部门可提供专业鉴定或复核。例如，根据《森林法》第二十一条，征收林地需依法补偿林木价值，若评估机构出具的结果明显偏离实际，可要求林业部门重新委托评估。

4. 人民政府或信访部门（综合协调）
   若对上述部门处理结果不满，可向当地人民政府（如区、县政府）或信访部门提交书面申诉。政府有义务协调多部门联合调查，并督促责任单位整改。例如，若征收方未取得合法手续强行占地，政府应责令其停止违法行为并恢复原状。

维权步骤建议：

1. 收集证据：保留占地通知、补偿协议、树木照片、评估报告等材料，证明占地行为及补偿不合理的事实。
   
2. 书面申请：向相关部门提交《行政查处申请书》或《复核申请书》，明确诉求（如重新评估、补足差额、停止占地）。
   
3. 法律救济：若部门未在法定期限内回复（通常为60日），可提起行政诉讼，要求法院判决相关部门履行职责或确认占地行为违法。

注意事项：

• 维权需在知道占地行为之日起6个月内提出（行政诉讼时效），逾期可能丧失诉权。
  
• 若占地行为涉及刑事犯罪（如故意毁坏财物、滥用职权），可向公安机关报案，追究相关人员刑事责任。
  

如有进一步细节（如占地主体、补偿协议内容），可向我补充说明，以便更精准分析。