当您的有证林地被别人占了时，您可以向以下几个部门申诉以维护自身权益：

1. 林业部门（林业局）：

   • 作为主管林业资源的部门，林业局有权对林地的使用、保护等情况进行监管。您可以向当地林业局反映情况，他们会展开调查，并在确认侵占行为后，责令侵占者停止侵权、退还林地，并可能依法给予行政处罚。

2. 自然资源部门：

   • 如果侵占行为涉及到土地权属的争议，您可以向自然资源部门申请确权。该部门会对土地的权属情况进行详细的调查和认定，以明确林地的真正归属。

3. 公安机关（含森林公安）：

   • 在侵占行为达到一定严重程度，涉嫌构成犯罪时，如非法占用农用地罪，您可以向公安机关报案。公安机关会依法进行刑事侦查，并追究犯罪嫌疑人的刑事责任。

4. 当地政府（乡镇人民政府或街道办事处）：

   • 作为基层组织，当地政府有综合管理职责，可以协调相关部门处理林地侵占问题，并推动问题的解决。

5. 检察部门：

   • 如果林地侵占行为损害了公共利益，或相关行政部门存在不作为等情况，您可以向检察院反映。检察院可以通过提起公益诉讼等方式来维护林地权益和公共利益。

在申诉过程中，建议您准备好充分的证据材料，如林权证、土地承包合同、侵占行为的照片或视频等，以支持您的诉求。同时，保持与相关部门的沟通，及时了解处理进展，并积极配合他们的调查工作。

希望这些建议能对您有所帮助。如果您在申诉过程中遇到任何困难或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。