结论：房东在商铺租赁还有3天到期且营业执照未注销的情况下，自己提前办理营业执照的行为，其合法性需根据具体情况来判断，一般情况下可能不合法，但若符合特定条件也可能合法。以下从不同角度进行分析：
合法性分析
租赁合同约定：
- 若租赁合同中有明确约定：关于商铺租赁期间及租赁期满后营业执照的处理方式，如合同中明确规定了租赁期满后承租人需注销营业执照，或房东有权在租赁期满后自行办理营业执照等条款，那么房东的行为可能依据合同约定而被视为合法。
- 若租赁合同中无明确约定：则房东的行为可能构成对承租人权益的侵犯，因为承租人在租赁期间内对商铺享有使用权，包括办理和使用营业执照的权利。租赁期满前，除非承租人同意或存在其他法定情形，房东一般无权自行办理营业执照。
法律法规规定：
- 营业执照的办理主体：根据相关法律法规，营业执照的办理主体应为经营活动的主体，即承租人（如果承租人以商铺为经营场所）。在租赁期间内，承租人有权使用商铺并办理相关营业执照。
- 租赁期满后的处理：租赁期满后，如果承租人未注销营业执照，且房东希望自行使用商铺进行经营活动，房东应首先与承租人协商解决营业执照的注销或变更问题。在未经承租人同意的情况下，房东自行办理营业执照可能违反相关法律法规关于营业执照办理主体的规定。
实际经营情况：
- 如果房东并未实际使用商铺进行经营活动：而只是提前办理了营业执照，这种行为可能并不直接构成对承租人的损害，但仍然可能违反租赁合同的约定或相关法律法规的精神。
- 如果房东实际使用了商铺进行经营活动：且该经营活动与承租人原营业执照上的经营范围相同或相似，那么房东的行为可能构成不正当竞争或侵犯承租人的商业利益。
法律建议
与房东协商：
- 作为承租人，你可以首先与房东进行协商，了解房东提前办理营业执照的具体原因和目的，并尝试达成一个双方都能接受的解决方案。
检查租赁合同：
- 仔细审查租赁合同中关于营业执照的条款，如果合同中有明确约定，则依据合同约定处理；如果合同中没有明确约定，则可以与房东协商补充约定或寻求法律途径解决。
寻求法律帮助：
- 如果与房东协商无果，且你认为房东的行为侵犯了你的合法权益，你可以咨询专业律师（即我，刘继军律师，专注于房产领域），了解具体的法律途径和维权方式。
可能的法律后果
- 如果房东的行为被认定为违法：房东可能需要承担相应的法律责任，包括但不限于停止侵权行为、赔偿承租人的损失等。
- 如果承租人的行为被认定为违约：如承租人未按照租赁合同约定注销营业执照，承租人也可能需要承担相应的违约责任。
总结：房东在商铺租赁还有3天到期且营业执照未注销的情况下，自己提前办理营业执照的行为，其合法性需根据租赁合同约定、法律法规规定以及实际经营情况来综合判断。作为承租人，你可以首先与房东协商解决，如果协商无果，可以寻求法律帮助来维护自己的合法权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。