结论：有建房合法手续的情况下，邻居起诉，法院是否立案取决于邻居起诉的具体事由以及是否符合法律规定的立案条件。以下从多个角度进行分析：

1. 立案条件概述：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，起诉必须符合一定条件，包括原告与本案有直接利害关系、有明确的被告、有具体的诉讼请求和事实、理由，以及案件属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。

2. 合法建房手续对立案的影响：

   • 如果您拥有合法的建房手续，这通常意味着您的建房行为是符合法律法规的。在这种情况下，如果邻居起诉您，法院在审查立案时，会重点考虑邻居的起诉事由是否合法、合理，以及是否与您的合法建房行为有直接关联。
   • 例如，如果邻居起诉您侵犯其相邻权（如采光权、通风权等），但您能够提供合法建房手续证明您的建房行为并未违反相关法律法规对相邻权的规定，那么法院在审查立案时可能会认为邻居的起诉缺乏事实依据，从而不予立案或驳回起诉。

3. 邻居起诉的可能事由及立案情况：

   • 相邻权纠纷：如上述提到的采光权、通风权等。如果邻居能够提供充分证据证明您的建房行为确实侵犯了其相邻权，且该侵权行为与您的合法建房手续无关（如建房高度超出规定、建筑间距过近等），那么法院可能会立案受理。
   • 土地使用权纠纷：如果邻居认为您的建房行为侵犯了其土地使用权，那么法院在审查立案时，会重点审查双方的土地使用权证书、建房手续等相关证据，以确定是否存在土地使用权纠纷。如果邻居的起诉事由成立，法院可能会立案受理。
   • 其他纠纷：如噪音污染、环境污染等。这些纠纷与建房手续的合法性无直接关联，但如果您在建房过程中确实存在这些行为，且邻居能够提供充分证据证明，那么法院也可能会立案受理。

4. 建议与措施：

   • 在面对邻居的起诉时，建议您首先保持冷静，不要与邻居发生冲突。
   • 仔细审查邻居的起诉状和相关证据，了解起诉的具体事由和法律依据。
   • 如果您认为邻居的起诉缺乏事实依据或法律依据，可以积极准备相关证据进行反驳。
   • 如有必要，可以寻求专业律师的帮助，以便更好地维护自己的合法权益。

后续行动建议：如果您现在面临邻居起诉的情况，且不确定如何应对，可以直接向我咨询。我可以根据您的具体情况，提供更详细的法律建议和应对策略。