关于假冒注册商标的商品罪立案后交了非法所得但三年不结案的情况，可能涉及以下几个方面的原因和法律考量：
案件复杂程度：
- 假冒注册商标的商品罪案件往往涉及复杂的证据收集和鉴定过程，特别是当案件涉及多个地区、多个犯罪嫌疑人或大量非法所得时，调查和取证工作可能会更加耗时。
- 如果案件中存在技术难题，如商标真伪的鉴定、非法所得的计算等，也可能导致案件处理时间延长。
司法程序流程：
- 刑事案件的处理需要遵循严格的司法程序，包括侦查、审查起诉、审判等阶段。每个阶段都有法定的时间限制，但实际操作中可能因各种原因（如补充侦查、延期审理等）而延长。
- 特别是在审判阶段，如果法院认为案件事实不清、证据不足，可能会要求检察院补充侦查，或者自行调查取证，这都会进一步延长案件的处理时间。
非法所得的处理：
- 交了非法所得并不意味着案件会立即结案。非法所得的处理是案件处理的一部分，但并非全部。法院还需要对犯罪嫌疑人的犯罪行为进行审判，确定其是否构成犯罪以及应受的刑罚。
- 非法所得的处理也可能涉及复杂的财务审计和资产追缴程序，这些程序同样需要时间来完成。
其他外部因素：
- 案件处理过程中可能遇到不可抗力的因素，如自然灾害、疫情等，导致司法机关无法正常开展工作。
- 司法机关的工作负荷和资源配置也可能影响案件的处理速度。如果司法机关同时处理大量案件，或者资源有限，可能会导致某些案件的处理时间延长。
针对您的情况，我建议采取以下措施：
- 了解案件进展：您可以主动联系承办案件的司法机关（如公安局、检察院或法院），了解案件的具体进展情况和可能的原因。
- 咨询专业律师：虽然我已经在这里提供了一些可能的解释和建议，但每个案件的具体情况都是独特的。因此，我建议您咨询一位专业律师，特别是擅长知识产权犯罪领域的律师，以获取更具体、更个性化的法律建议。
- 保持耐心和配合：刑事案件的处理需要时间，特别是当案件涉及复杂情况时。请您保持耐心，并积极配合司法机关的工作，提供必要的协助和信息。
最后，我想强调的是，虽然案件处理时间可能较长，但司法机关会尽力在法定期限内完成案件的处理工作。如果您对案件处理有任何疑问或不满，可以通过合法途径表达您的诉求和意见。如果您还有其他关于知识产权犯罪或相关法律问题，欢迎直接向我咨询。