关于“销售假冒商标商品罪三年后才移交检察院怎么办”的问题，首先我们要明确的是，销售假冒商标商品罪属于刑事案件，其追诉时效通常为五年。这意味着，在犯罪行为发生后的五年内，司法机关有权对其进行追诉。

1. 判断追诉时效：

   • 首先，需要判断从犯罪行为发生到移交检察院的时间是否已经超过了五年的追诉时效。如果未超过，那么司法机关仍然有权进行追诉。
   • 如果在追诉期限内又实施了其他犯罪行为，那么前罪追诉的期限将从犯后罪之日起计算。

2. 司法程序继续：

   • 如果确定未超过追诉时效，案件将按照正常的司法程序进行。检察院会对案件进行审查，决定是否提起公诉。
   • 如果检察院提起公诉，案件将进入法院审判阶段，由法院根据事实和法律进行判决。

3. 民事赔偿：

   • 即使刑事案件因为超过追诉时效而无法继续，受害者仍然可以通过民事途径要求赔偿损失。
   • 民事赔偿是对受害者合法权益的一种救济方式，不受刑事案件追诉时效的限制。

4. 法律建议：

   • 对于此类案件，建议受害者及时收集并保存相关证据，以便在需要时提供有力的法律支持。
   • 如果对案件处理有任何疑问或需要进一步的法律帮助，建议咨询专业律师，以便获得更具体、更专业的法律建议。

综上所述，销售假冒商标商品罪三年后才移交检察院，首先需要判断是否已经超过了追诉时效。如果未超过，案件将按照正常的司法程序进行；如果超过，受害者仍然可以通过民事途径要求赔偿损失。在任何情况下，都建议受害者及时咨询专业律师以获取更具体的法律帮助。