在处理申请人主张加班费，而被申请人主张所发工资已包含加班费的劳动争议时，主证责任的分配是一个核心问题。以下是对这一问题的详细解答：
一、主证责任分配的基本原则
在劳动争议中，遵循“谁主张，谁举证”的基本原则。这意味着，当申请人（劳动者）主张加班费时，他/她需要承担初步的举证责任，即提供证据证明加班事实的存在。这是启动加班费主张程序的基础。
二、申请人（劳动者）的举证责任
证明加班事实：
- 申请人需要提供初步证据来证明他/她在特定时间段内确实进行了加班。这些证据可以包括但不限于考勤记录、工作成果的相关证据（如工作报告、项目完成情况等）、同事的证言等。
- 考勤记录是最直接且有力的证据，它能够清晰地显示申请人的出勤和加班情况。如果申请人能够提供这样的记录，将大大增强其主张的可信度。
证明用人单位掌握加班证据：
- 如果申请人有证据表明用人单位掌握着加班事实存在的证据（如电子打卡记录、加班审批单等），但用人单位拒绝提供，那么根据相关法律规定，举证责任将转移至用人单位。
- 在这种情况下，用人单位需要承担不利后果，即如果无法提供反驳证据，仲裁委或法院可能会倾向于支持申请人的主张。
三、被申请人（用人单位）的举证责任
反驳加班事实：
- 如果被申请人主张所发工资已包含加班费，那么他/她需要提供证据来证明这一点。这通常包括工资发放记录、劳动合同中的相关条款、公司规章制度等。
- 工资发放记录应详细显示工资的构成，包括基本工资、加班费、奖金等各项明细。如果被申请人能够提供这样的记录，并且记录中明确显示了加班费的支付情况，那么这将是一个有力的反驳证据。
证明工资构成合理性：
- 除了提供工资发放记录外，被申请人还需要证明其工资构成的合理性。这包括解释加班费的计算基数、计算方式等是否符合相关法律法规和劳动合同的约定。
- 如果被申请人无法提供合理的解释或证据来支持其主张，那么仲裁委或法院可能会对其主张产生怀疑，并倾向于支持申请人的加班费主张。
四、实务操作建议
对于申请人：
- 在主张加班费前，尽可能收集并保存所有与加班相关的证据。
- 如果无法直接获取某些关键证据（如用人单位掌握的电子打卡记录），可以通过合法途径（如申请劳动仲裁委员会或法院调查取证）要求用人单位提供。
对于被申请人：
- 妥善保管与加班相关的证据，包括工资发放记录、加班审批单等。
- 在主张所发工资已包含加班费时，确保提供充分的证据来支持其主张，并解释工资构成的合理性。
五、总结
在处理申请人主张加班费，而被申请人主张所发工资已包含加班费的劳动争议时，主证责任的分配是关键。申请人需要承担初步举证责任来证明加班事实的存在，而被申请人则需要提供证据来反驳加班事实或证明工资构成中已包含加班费。双方应秉持诚信原则，通过协商或法律途径解决争议，确保劳动关系的和谐稳定。