针对借款还款侵占公司利益的行为，可按以下方式处理，核心在于通过法律手段追责并挽回损失：

1. 明确行为性质：是否构成职务侵占罪或挪用资金罪

• 职务侵占罪：若行为人利用职务便利，将公司资金非法占为己有（如虚构借款名义套取资金后拒不归还），数额较大（通常6万元以上），可能触犯《刑法》第271条，最高可处15年有期徒刑。
• 挪用资金罪：若行为人将公司资金挪作个人使用（如借款后长期不还用于个人消费），数额较大（通常10万元以上）且超过3个月未还，可能触犯《刑法》第272条，最高可处7年有期徒刑。
• 关键证据：需收集借款合同、转账记录、审批流程、行为人拒不归还的证据（如催款记录、书面承诺）等。

2. 民事追偿：通过诉讼要求返还资金并赔偿损失

• 法律依据：根据《民法典》第122条（不当得利返还）或公司章程、借款合同约定，公司可起诉行为人要求返还被侵占资金，并主张利息或实际损失赔偿。
• 操作步骤：
  1. 固定证据：整理借款审批文件、资金流向、行为人职务证明等；
  2. 发送律师函：正式催告行为人限期返还，保留书面证据；
  3. 提起诉讼：向法院起诉要求返还资金、赔偿损失，并申请财产保全（如冻结行为人银行账户、房产等）。

3. 内部治理：完善制度并追究管理责任

• 修订借款制度：明确借款审批权限、用途限制、还款期限及违约责任（如逾期利息、扣发工资等），避免制度漏洞。
• 追究管理层责任：若内部审批人员存在失职（如未核实借款用途、违规放款），可依据公司章程或劳动合同追究其赔偿责任，甚至解除劳动合同。

4. 行政举报：向监管部门反映违规行为

• 若行为人同时违反金融监管规定（如未经批准向公司借款），可向银保监会、地方金融监管局等部门举报，推动行政处罚（如罚款、行业禁入）。

5. 刑事报案：通过公安机关立案侦查

• 若行为涉嫌犯罪，公司可向公安机关经侦部门报案，提交证据材料（如借款合同、资金流水、行为人供述等），推动刑事立案。
• 注意：刑事立案后，行为人若被判刑，法院会同时判决返还赃款，但公司需主动申请参与刑事附带民事诉讼或单独提起民事诉讼以保障权益。

行动建议：

1. 立即收集并固定证据，避免行为人转移资产；
   
2. 根据金额和情节，优先选择刑事报案或民事诉讼；
   
3. 同步完善内部制度，防止类似事件再次发生。
   

如有具体案件细节（如金额、行为人职务、借款用途等），可进一步向我咨询，我会结合证据制定详细方案。