结论：员工不辞而别时，用人单位不能直接扣工资，但在特定条件下可以依法扣除部分工资作为赔偿。具体来说，若员工的行为给用人单位造成了实际经济损失，并且用人单位能够提供充分证据证明这一点，那么用人单位可以按照劳动合同的约定或相关法律规定，从员工的工资中扣除相应款项作为赔偿，但扣除的部分需遵循法定限制。

详细分析：

1. 不可随意扣工资：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一规定明确了用人单位支付工资的义务，即使员工不辞而别，也不能成为用人单位随意克扣工资的理由。

2. 造成经济损失的情况：

   • 如果员工不辞而别给用人单位造成了实际经济损失，如项目中断、业务损失、招聘费用增加或商业秘密泄露等，用人单位有权要求员工赔偿。
   • 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
   • 举例说明：假设某员工月工资为5000元，因不辞而别给公司造成经济损失，公司决定从其工资中扣除赔偿。根据规定，每月最多可扣除1000元（5000元的20%），且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准（假设为2000元）。因此，该员工当月实际可领取的工资至少为4000元（5000元-1000元），若当地月最低工资标准高于此数额，则按最低工资标准支付。

3. 未造成经济损失的情况：

   • 若员工不辞而别但未造成经济损失，用人单位通常无权随意扣除工资。
   • 工资是员工提供劳动的报酬，只要员工实际付出了劳动，用人单位就应按劳动合同约定和国家规定及时足额支付。

4. 用人单位的正确做法：

   • 当员工不辞而别时，用人单位应首先通过书面方式（如快递、电子邮件等）及时联系员工，要求其返回办理离职手续和工作交接。
   • 若员工行为造成经济损失，用人单位需提供充分证据，并与员工进行积极沟通，寻求妥善解决方案。
   • 在处理此类问题时，用人单位应严格遵循相关法律法规和劳动合同规定，确保扣减工资行为的合法性和合理性。

建议：

• 用人单位应建立健全的规章制度，明确员工离职的程序和责任，以减少不辞而别等突发情况的发生。
• 在处理员工不辞而别的问题时，用人单位应保持冷静和理性，遵循法律程序，避免采取过激或违法的行为。
• 如有必要，用人单位可向我咨询具体的法律意见和操作方案，以确保自身权益得到充分保护。