当合同被判定无效但已经实际履行时，处理方式需严格遵循法律规定，并结合实际情况采取相应措施，主要包括返还财产、折价补偿、赔偿损失以及特定情况下的财产追缴。以下是对这些处理方式的详细解释：
一、返还财产
原则与目的：合同无效后，因该合同取得的财产应当予以返还，旨在恢复到合同订立前的状态，消除无效合同产生的财产变动。
具体方式：
例外情况：若财产无法返还或没有必要返还（如已消耗、损坏），则应进行折价补偿。折价金额通常基于财产的实际价值或市场价格确定。例如，食品已被食用，则按价值折价补偿。
二、折价补偿
对于不能返还或没有必要返还的财产，应进行折价补偿。这适用于财产已灭失、损坏或被消费等情况。补偿金额应反映财产的实际价值或使用价值，确保公平合理。
三、赔偿损失
过错责任：合同无效若由一方过错造成，该过错方应赔偿对方因此所受的直接和间接损失。过错包括故意和过失，如一方隐瞒重大瑕疵导致合同无效即为过错。
双方过错：若双方都对合同无效有过错，则应各自承担相应的责任。责任分担依据双方的过错程度确定，确保公平合理。例如，在双方均无资质的建设工程合同中，若因工程质量问题导致合同无效，双方应根据各自过错程度分担损失。
损失赔偿范围：损失赔偿涵盖直接损失（如履行合同支付的费用、财产损毁）和间接损失（如预期可得利益的损失）。但间接损失的赔偿需满足可预见性条件，即损失应当是合同双方在订立合同时能够预见到的。
四、追缴财产（特定情况）
对于违反国家利益、社会公共利益或损害第三人利益的无效合同，根据具体情况，可能会将因该合同取得的财产收归国家所有，或返还给集体、第三人。特别是当合同涉及逃避国家税收、非法侵占集体资产或非法处分他人财产时，相关财产将被依法追缴。例如，甲乙恶意串通低价转让国有资产，合同无效后财产收归国有。
五、处理原则与建议
恢复原状：处理无效合同的首要原则是尽可能使当事人的财产状况恢复到合同订立前的状态。这有助于维护市场秩序和公平正义。
平衡利益：在处理过程中，需兼顾双方利益，确保处理结果的公平与合理。避免一方因合同无效而遭受过大损失，同时防止另一方因合同无效而获得不当利益。
协商解决：发现合同无效后，双方应首先尝试通过协商解决争议。这有助于降低诉讼成本和时间成本，同时维护商业关系。若协商不成，再考虑通过法律途径解决。
法律途径：若协商不成，受损方可依法向法院提起诉讼或申请仲裁，以维护自身合法权益。在诉讼或仲裁过程中，应提供充分证据证明合同无效及自身损失情况。
综上所述，处理无效但已实际履行的合同需综合考虑法律规定、当事人过错、财产损失及利益平衡等因素。若您遇到此类问题，建议直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议和解决方案。