结论：公司以未及时签保密协议为由辞退你，这一行为是否合法，需根据具体情况判断，一般情况下不合法，但若保密协议涉及公司重大利益且你存在故意或重大过失未签署，公司可能有权解除合同，不过这种情况较为少见且需严格符合法律规定。
分析如下：
保密协议的性质与签订要求：
- 保密协议是用人单位与劳动者之间就保守用人单位商业秘密等事项达成的协议。其签订通常基于双方的自愿和平等协商，并非法律强制要求必须签订的合同类型。
- 保密协议的签订时间、方式等应由双方协商确定，用人单位不能单方面强制要求劳动者在特定时间内签订，否则可能构成对劳动者权益的侵害。
公司辞退员工的合法条件：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位解除劳动合同必须符合法定条件，如劳动者严重违反用人单位规章制度、严重失职给用人单位造成重大损害等。
- 单纯以未及时签订保密协议为由辞退员工，并不符合上述法定解除条件。除非保密协议的签订是公司规章制度中的明确要求，且该规章制度经过民主程序制定、公示并告知劳动者，同时你存在故意或重大过失未签署的情况。
公司可能面临的法律后果：
- 如果公司违法解除劳动合同，根据《劳动合同法》的规定，你可能有权要求公司继续履行劳动合同或者支付赔偿金。赔偿金的标准通常为你在本单位工作年限对应的月工资的两倍。
- 此外，如果公司因未签订保密协议而遭受损失，并试图通过辞退你来转嫁责任，这种做法也是不合法的。公司应通过合法途径追究你的违约责任（如果保密协议中有相关约定且你确实存在违约行为），而不是直接辞退你。
建议：
- 如果你认为公司的辞退行为不合法，可以首先与公司进行协商，要求公司说明辞退的具体理由和依据。
- 如果协商无果，你可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付赔偿金或继续履行劳动合同。
- 在仲裁过程中，你需要提供相关证据证明公司的辞退行为不合法，如保密协议未签订的原因、公司规章制度的相关规定等。
进一步思考：
- 保密协议虽然不是法律强制要求签订的合同类型，但一旦签订，双方都应严格遵守。如果你确实存在未签署保密协议的情况，且公司因此遭受了损失，你可能需要承担一定的违约责任。不过，这并不意味着公司可以随意辞退你。
- 在处理此类纠纷时，建议你咨询专业律师的意见，以便更好地维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。