公司以违反保密协议为由开除员工，在特定条件下是合法的。但公司必须确保满足一定的合法性依据与条件，并遵循正当程序。以下是对此问题的详细分析：

一、合法性依据与条件

1. 保密协议合法有效：

   • 保密协议的内容必须符合国家法律法规的要求，不得与劳动法、行政法规等强制性规定相抵触。
   • 保密协议的制定应经过双方平等协商，确保协议的公平性和合理性。
   • 保密协议需明确约定保密内容、保密期限、保密义务及违约责任等关键条款。

2. 员工确实存在违反保密协议的行为：

   • 公司必须有充分的证据证明员工违反了保密协议，如泄露商业秘密的证据、违反保密义务的行为记录等。
   • 员工的违规行为需达到保密协议中可以解除劳动合同的严重程度。

3. 遵循正当程序：

   • 在开除员工前，公司应事先通知员工，并听取员工的申辩，确保决定的合法性和合理性。
   • 若公司设有工会，还需按照劳动合同法的规定事先通知工会。

二、不可以开除的情形

• 保密协议不合法或不合理：若保密协议存在明显不合理或违法条款，依此开除员工是不合法的。
• 缺乏充分证据：仅凭主观猜测或无事实依据的传闻就开除员工，属于违法解除劳动合同。
• 违规行为未达到严重程度：对于轻微违反保密协议的行为，公司应采取其他方式处理，如警告、罚款等，而非直接开除。

三、法律后果

如果公司违法解除劳动合同，员工有权要求公司支付赔偿金。赔偿金标准为经济补偿标准的二倍，具体计算方式如下：

• 按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。
• 六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。

四、操作建议

1. 完善保密协议：公司应确保其保密协议内容合法、程序合规，并及时与员工签订。
2. 加强证据收集：在员工出现违反保密协议的行为时，公司应及时收集并保存相关证据。
3. 遵循正当程序：在开除员工时，公司应遵循事先通知、听取申辩等程序，确保决定的合法性和合理性。
4. 合理行使权利：公司应合理行使开除员工的权利，避免无故或以不合理的理由开除员工，以免引发法律纠纷和经济赔偿风险。

综上所述，公司以违反保密协议为由开除员工是可以的，但必须确保满足合法性依据与条件，并遵循正当程序。同时，公司也应注意避免滥用此项权利，以维护良好的劳动关系和企业形象。如果你有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。