商家非故意虚开发票，仍可能面临税务行政责任，但刑事责任风险较低，具体处理需结合虚开金额、情节及主观恶性综合判断。以下从法律责任、应对措施、风险防范三个角度展开分析：

一、法律责任分析

1. 行政责任
   根据《发票管理办法》第三十七条，虚开发票（包括为他人、为自己、让他人为自己或介绍他人虚开）的，由税务机关没收违法所得，并处1万元以上50万元以下罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

   • 非故意虚开：若商家能证明自身无主观故意（如因财务疏忽、系统错误导致发票信息与实际交易不符），税务机关可能酌情减轻处罚，但仍需补缴税款、滞纳金，并接受行政处罚。
     
   • 情节轻重：虚开金额较小（如单笔或累计金额未达刑事立案标准）、未造成税款流失的，可能仅受行政处罚；若金额较大或存在其他严重情节（如多次虚开、拒不整改），处罚力度会加重。

2. 刑事责任
   根据《刑法》第二百零五条之一，虚开发票罪需满足“情节严重”标准（如虚开税款数额10万元以上或造成国家税款损失5万元以上）。

   • 非故意虚开：若商家无偷逃税款目的，且能提供完整交易记录、合同、付款凭证等证据证明交易真实性，通常不构成刑事犯罪。但需注意：主观故意并非唯一认定标准，若因重大过失导致虚开（如未核对交易信息即开票），仍可能被推定为“间接故意”，需结合具体情节判断。

二、应对措施建议

1. 立即自查整改

   • 停止虚开发票行为，核对已开具发票与实际交易是否一致。
     
   • 若发现错误，及时联系受票方作废或红冲发票，并重新开具正确发票。
     
   • 保留交易合同、付款记录、物流凭证等证据，证明交易真实性。

2. 主动向税务机关报告

   • 若虚开行为已被税务机关发现，应主动配合调查，如实说明情况，避免被认定为“逃避监管”。
     
   • 提交书面说明材料，强调非故意性，并附上整改措施（如加强财务审核、培训员工等）。

3. 协商补缴税款及滞纳金

   • 若虚开发票导致税款少缴，需主动补缴税款及滞纳金（按日加收万分之五），以降低行政处罚风险。
     
   • 避免被税务机关认定为“拒不缴纳税款”，否则可能面临更高罚款或强制执行。

三、风险防范建议

1. 完善内部发票管理制度

   • 明确开票流程，要求财务人员核对交易合同、付款记录后再开票。
     
   • 定期对发票进行自查，建立台账记录开票信息与交易匹配情况。

2. 加强员工法律培训

   • 组织财务、销售等部门学习《发票管理办法》《税收征收管理法》等法规，强调虚开发票的法律后果。
     
   • 明确禁止“代开发票”“买卖发票”等行为，避免员工因法律意识淡薄触犯红线。

3. 谨慎处理异常交易

   • 对大额、频繁或交易对手异常的订单，要求提供更多证明材料（如身份证、营业执照等）。
     
   • 拒绝为无实际交易关系的第三方开票，避免被利用为“虚开链条”中的一环。

总结：商家非故意虚开发票，虽刑事责任风险较低，但仍需承担行政责任。关键在于及时整改、主动配合调查，并通过完善制度防范风险。若涉及复杂情况（如被税务机关立案调查），建议提供具体交易细节，以便进一步分析应对策略。