基本农田侵权可通过以下方式处理，我将从法律程序、责任承担、救济途径三个核心角度为您详细说明：

1. 确认侵权行为性质

根据《土地管理法》第三十七条及《基本农田保护条例》第十七条，基本农田侵权通常包括以下情形：

• 非法占用：未经批准在基本农田上建房、挖砂、采石等；
  
• 破坏耕作层：堆放固体废弃物、排放污染物导致土壤质量下降；
  
• 改变用途：将基本农田转为林地、草地或建设用地。
  关键点：需通过自然资源部门出具的《土地性质认定书》确认地块是否属于基本农田，这是后续维权的基础。

2. 行政处理程序

• 举报与查处：
  向当地自然资源主管部门（如自然资源局）或农业农村部门提交书面举报材料，附上现场照片、视频等证据。根据《土地管理法》第七十五条，相关部门应在30日内立案调查，责令停止侵害并恢复原状。
  
• 行政处罚：
  对非法占用基本农田的，可处每平方米1000元罚款（《土地管理法实施条例》第五十七条）；对破坏耕作层的，可要求限期改正并罚款。

3. 民事救济途径

• 起诉要求赔偿：
  若侵权行为导致农田减产或无法耕种，可依据《民法典》第一千一百六十五条提起侵权之诉，主张赔偿损失（包括直接损失如农作物价值、间接损失如预期收益）。
  
• 申请行为保全：
  在诉讼中可申请法院裁定侵权人立即停止侵害行为，防止损失扩大（《民事诉讼法》第一百零三条）。

4. 刑事责任追究

若侵权行为符合以下情形，可能构成犯罪：

• 非法占用农用地罪（《刑法》第三百四十二条）：
  占用基本农田5亩以上或基本农田以外的耕地10亩以上，造成耕地种植条件严重毁坏或严重污染的，处五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。
  
• 污染环境罪：
  向基本农田排放重金属、持久性有机污染物等有毒物质，严重污染环境的，处三年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。

5. 特殊情形处理

• 政府征收中的侵权：
  若政府未依法办理农用地转用审批手续即征收基本农田，可依据《行政复议法》申请复议或提起行政诉讼，要求撤销征收决定并赔偿损失。
  
• 历史遗留问题：
  对1999年《土地管理法》修订前形成的占用行为，需结合当时政策处理，但破坏耕作层的行为仍可能被追责。

行动建议：

1. 立即固定证据（如拍摄现场、保存污染样本）；
   
2. 向自然资源部门申请信息公开，确认土地性质及规划；
   
3. 根据侵权主体（个人/企业/政府）选择对应维权路径；
   
4. 若涉及刑事犯罪，同步向公安机关报案。
   

如需进一步分析具体案情或协助起草法律文书，可直接向我咨询。