司法鉴定机构需先申请资质认定，再申请司法鉴定许可证。具体分析如下：

1. 资质认定是基础性条件
   根据《司法鉴定机构登记管理办法》（司法部令第95号）第十一条，司法鉴定机构申请登记需满足“有明确的业务范围和必要的仪器、设备、执业场所，有开展业务必需的资金和独立承担民事责任的能力”等条件。其中，“必要的仪器、设备、执业场所”等要求需通过资质认定（如CMA认证或CNAS认可）来证明其技术能力符合行业标准。资质认定是证明机构具备开展特定司法鉴定业务技术能力的核心依据，属于前置性条件。

2. 司法鉴定许可证是行政许可
   根据《全国人民代表大会常务委员会关于司法鉴定管理问题的决定》第六条，司法鉴定机构需经省级司法行政机关审核登记，取得《司法鉴定许可证》后方可从事司法鉴定业务。申请许可证时，司法行政机关会重点审查机构是否已通过资质认定、是否具备法定条件（如人员资质、设备配置等）。未通过资质认定的机构，司法行政机关将不予核发许可证。

3. 实务中的衔接流程
   实务中，司法鉴定机构需先完成资质认定（如通过省级市场监管部门的CMA认证），再向省级司法行政机关提交包括资质认定证书在内的申请材料，申请《司法鉴定许可证》。若机构未取得资质认定即申请许可证，可能因技术能力不达标被驳回申请。

建议：若计划设立司法鉴定机构，应优先规划资质认定工作（包括设备采购、人员培训、方法验证等），确保技术能力符合要求后再启动许可证申请程序。如有具体领域（如法医临床、痕迹鉴定等）的资质认定或许可证申请问题，可进一步向我咨询。