行政机关作出行政处罚决定应遵循的法定期限，一般自立案之日起九十日内完成，但特殊情况下可依法延长。以下是对这一问题的详细分析：
一、一般规定
根据《中华人民共和国行政处罚法》第六十条的明确规定，行政机关应当自行政处罚案件立案之日起九十日内作出行政处罚决定。这一规定适用于大多数行政处罚案件，确保了行政处罚决定的及时性。例如，在税务、市场监管等领域，行政机关通常需要在这一期限内完成调查取证、审查认定等一系列程序，并作出处罚决定。
二、特殊情况下的期限调整
法律、法规、规章另有规定：
- 不同领域的行政处罚可能设有特殊的期限规定。例如，《市场监督管理行政处罚程序规定》也规定了类似的九十日期限，并明确了在案情复杂或其他原因下，经市场监督管理部门负责人批准，可以延长三十日。若案情特别复杂或有其他特殊情况，经延期仍不能作出处理决定的，应由市场监督管理部门负责人集体讨论决定是否继续延期，并确定延长的合理期限。
- 以治安管理处罚为例，《治安管理处罚法》第九十九条规定：“公安机关办理治安案件的期限，自受理之日起不得超过三十日；案情重大、复杂的，经上一级公安机关批准，可以延长三十日。”这里虽然表述为“受理之日”，但在实际执法中受理和立案环节紧密相关，且该规定明确了治安案件不同于一般行政处罚案件的办理期限。
不计入办案期限的情形：
- 根据相关规定，检测、检验、检疫、鉴定、公告、听证以及权利人辨认或鉴别、责令退还多收价款等时间不计入案件办理期限。这确保了行政机关有足够的时间进行必要的调查和程序，而不影响原定的办案期限。
当场作出处罚决定的情形：
- 在违法事实确凿且有法定依据的情况下，对于公民处以二百元以下，或对法人及其他组织处以三千元以下罚款，或仅给予警告的行政处罚，行政机关有权当场作出决定。这一规定提高了行政效率，同时也保障了轻微违法行为的快速处理。
三、超期未决的法律后果
实践中，如果行政机关未在法定期限内作出行政处罚决定，可能会构成程序违法。当事人有权通过行政复议、行政诉讼等途径维护自己的合法权益，要求行政机关依法履行职责或纠正违法行为。
四、实际影响因素
证据收集难度：
- 证据的收集是行政处罚过程中的关键环节。如果证据分散、难以获取，或者需要进行大量的调查走访、数据调取等工作，会耗费较多时间。例如在查处网络传销案件时，由于传销组织往往具有隐蔽性，其活动主要通过网络进行，证据可能分布在不同地区甚至境外，这就增加了证据收集的难度和时间成本。
当事人配合程度：
- 当事人的配合程度也会影响案件办理的进度。如果当事人积极配合调查，如实提供相关信息和材料，有助于行政机关尽快查明事实；反之，如果当事人拒绝配合、逃避调查，可能会导致案件办理时间延长。比如在税务稽查案件中，如果被检查企业故意隐瞒财务资料、不配合税务机关的检查工作，税务机关就需要花费更多时间和精力去核实情况。
行政机关内部流程：
- 不同行政机关的内部工作流程和工作效率也可能存在差异。一些行政机关可能存在审批环节繁琐、人员配备不足等问题，导致案件办理速度较慢。此外，如果遇到法定节假日、不可抗力等因素，也会相应顺延案件办理期限。
总结与建议：
行政机关在作出行政处罚决定时，应严格遵守法定的办案期限，确保行政处罚的及时性和公正性。同时，对于特殊情况下的案件，应依法进行期限调整，并确保不影响案件的充分调查和公正处理。作为当事人，如果发现行政机关超期未决，可以及时通过行政复议或行政诉讼等途径维护自己的合法权益。如果你有具体的行政处罚案件需要咨询或处理，可以直接向我提问，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。