合同审核部门出具否定性意见时，通常应由更高层级的管理部门或具有决策权的机构进行复核与最终审核。以下是对这一问题的详细分析：

一、合同审核流程中的角色与职责

在合同审核流程中，通常涉及多个角色，包括合同起草人、合同审核部门、法务部门（如有）、以及最终决策机构（如公司管理层、董事会等）。合同审核部门的主要职责是对合同条款进行初步审查，评估其合法性、合规性以及潜在风险，并出具审核意见。当合同审核部门出具否定性意见时，意味着他们认为合同存在某些问题或风险，需要进一步关注或修改。

二、否定性意见的复核与最终审核

1. 更高层级的管理部门复核：

   • 在合同审核部门出具否定性意见后，通常应将合同提交给更高层级的管理部门进行复核。这些部门可能包括法务部门（如果合同审核部门不是法务部门）、公司管理层或专门的合同审查委员会等。
   • 复核的目的是对合同审核部门的意见进行再次评估，确认是否存在误解或遗漏，以及是否可以通过修改合同条款来消除风险或问题。

2. 最终决策机构的审核：

   • 如果复核后仍然存在争议或无法达成一致意见，合同可能需要提交给最终决策机构进行审核。这些机构可能包括公司董事会、股东会或具有决策权的公司高管等。
   • 最终决策机构将根据公司的整体利益、战略目标以及风险承受能力等因素，对合同进行最终审核并作出决策。

三、特殊情况下的处理

• 紧急情况：在紧急情况下，为了不影响业务进展或避免损失扩大，公司可能会授权特定人员（如公司高管或法务负责人）在合同审核部门出具否定性意见后，直接进行复核并作出决策。但这种情况应受到严格限制，并确保有相应的监督机制。
• 合同重要性：对于特别重要或复杂的合同，公司可能会选择聘请外部法律专家或律师事务所进行独立审核，以确保合同的合法性和合规性。

四、法律建议

• 完善合同审核流程：公司应建立完善的合同审核流程，明确各角色的职责和权限，确保合同在签订前经过充分审查。
• 加强沟通与协作：合同起草人、审核部门以及最终决策机构之间应加强沟通与协作，共同确保合同的合法性和合规性。
• 寻求专业法律支持：在处理复杂或重要的合同时，公司应考虑寻求专业法律支持，以降低法律风险并保护公司利益。

如果您在合同审核过程中遇到任何问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。